Práce s daty a jejich vizualizace v R - Letní workshop

25. - 28.7.2022 09:00 - 17:00 Prague, Česká republika 1 000 EUR bez DPH Angličtina Volná místa: 5

 

Úvod

R je výkonný statistický výpočetní jazyk, velmi efektivní a všestranný, umožňující rychlé výpočty a zobrazení přesných a elegantních grafů a tabulek. Obrovská komunita jeho uživatelů se navzájem podporuje a téměř každá otázka, kterou můžete mít, je již zodpovězena. R se používá všude tam, kde jsou data, včetně všech vědeckých disciplín a dalších odvětví, na která si vzpomenete. A to samozřejmě zahrnuje genomiku, transkriptomiku a všechny ty -omiky, které využívají NGS data. Uživatelé R uvádějí, že přínosy z učení R daleko převažují nad časem a úsilím věnovaným jeho učení.

Představujeme vám náš workshop zaměřený na vizualizaci NGS dat pomocí R. Důvodem výběru jazyka R není pouze jeho výpočetní výkon, ale také to, že je ideální pro vykreslování různých vědeckých dat, nejen NGS. Naučíte se základy R, práci s daty a principy analýzy dat. To vše vám umožní naučit se používat R pro vizualizaci dat, včetně vytváření všech nejběžnějších grafů používaných v publikacích NGS a podobně.

I když je tento workshop zaměřen na NGS data, nástroje a prvky zde vyučované lze využít i v jiných vědních oborech, jak již bylo zmíněno.

 

V průběhu workshopu…

  • Probíhají přednášky kombinované s praktickými cvičeními, aby si účastníci mohli získané znalosti ihned vyzkoušet v praxi.
  • Účastníci workshopu budou provádět všechny úkoly analýzy dat sami! Jeden počítač pro každého umožní plné zapojení jednoho každého účastníka do workshopu.
  • Účastníkům bude poskytnuta výkonná počítačová infrastruktura, nejsou vyžadovány/povoleny žádné osobní notebooky.

Komu je workshop určen?

  • Akce je určena pro začátečníky i mírně pokročilé uživatele R, kteří si chtějí prohloubit své znalosti v oblasti vizualizace dat.
  • Máte-li pochyby, zda je workshop pro vás vhodný, kontaktujte nás.

Co se naučíte?

  • Naučíte se základy R, jako je přiřazování proměnných, základní typy dat, používání R jako kalkulačky a podobně.
  • Naučíte se importovat data a kombinovat různé zdroje dat.
  • Naučíte se základní statistiku s vašimi daty.
  • Naučíte se různé druhy grafů pro NGS data, včetně jednorozměrných až vícerozměrných grafů.
  • Budete mít možnost komunikovat se zkušeným týmem přednášejících a dalšími účastníky.

A co dostanete?

  • Poslední den workshopu dostanete bootovatelný USB disk, na němž budou uloženy všechny použité nástroje a všechna Vámi analyzovaná data
  • Odnesete si svou čtyřdenní práci s sebou a můžete na ni kdykoliv navázat po návratu do své laboratoře či kanceláře!

 

Organizační informace

Jazyk: Angličtina

Registrační poplatek zahrnuje: Materiály k workshopu, obědy a občerstvení během přednášek. Cestovní výdaje si účastníci hradí sami.


 

Program workshopu

Day 1 - R language for data visualization

  • Introduction to R
  • Installing packages
  • Basic data types
  • Functions and debugging
  • Data simulation
     

Day 2 - Data handling and manipulation

  • Introduction to data analysis in R
  • Tidy data and cleaning data
  • Aggregate data
  • Joining tables
  • Basic statistics
     

Day 3 - Basics of creating graphs

  • Importing data
  • Intro to GGplot2
  • Univariate graphs
  • Bar plots
  • Pie charts
  • Histograms

Day 4 - Multivariable charts

  • Bivariate graphs
  • Scatter plot
  • Biplots (MA, Vulcano, PCA…)
  • Box plots
  • Heat maps
  • Multivariate graphs
  • Time-dependent graphs
     

Day 5 -  Relationship between variables

  • Other graphs (Dendrograms, Cnet plot)
  • Statistical models
  • Interactive graphs
  • Best practices of plotting
  •  

 


 

Přednášející

Tým přednášejících je složen z bioinformatiků firmy SEQme, kteří se zaměřují na analýzu dat a související úkony a jsou tudíž schopni poskytnout komplexní vhled do celé problematiky v souvislostech.

Zdroje

Základní znalost BASH, terminálu a R není požadovaná, ale je výhodou. Doporučujeme projít některý z volně dostupných návodů, např. na tomto nebo tomto odkazu.

 

Speciální nabídka:

Všechny naše kurzy a workshopy lze uspořádat rovněž na vašem pracovišti, pro vaši pracovní skupinu. Tedy jako akci na míru. Některé z našich akcí dokonce takto – na požadavek klienta – vznikly. Výhodou tohoto formátu je samozřejmě možnost připravit akci na klíč pro váš tým, reflektovat vaše specifické požadavky a potřeby, včetně možnosti pracovat s vašimi daty. V případě zájmu nás neváhejte kontaktovat.


Práce s daty a jejich vizualizace v R - Letní workshop

Nadcházející termíny:

Datum: 25. - 28.7.2022
Čas: 09:00 - 17:00
Místo: Prague, Česká republika
Adresa: Computer Help training centre, Slezská 2127/13
Jak se dostat na místo konání?
Cena: 1 000 EUR bez DPH
Jazyk: Angličtina
Volná místa: 5
Chci se přihlásit

© SEQme s.r.o., 2012 - 2022. Všechna práva vyhrazena. Právní upozornění.
webdesign Beneš & Michl