De novo assembly – Bioinformatický workshop

Dominantní sekvenační technologií na trhu je již delší dobu technologie krátkých readů společnosti Illumina. Jednou z aplikací, kde tato dominance představuje trochu problém a naopak vytváří nové příležitosti, je sestavování (assembly) genomů, zejména assembly de novo.

Novější sekvenační technologie (zejména společností Pacific Biosciences a Oxford Nanopore) poskytují jako výstup výrazně delší sekvenační ready, což je pro úspěšné assembly zcela zásadní. Na druhou stranu se v mnoha aspektech liší od na trhu dominantní technologie Illumina a vyžadují nejen specializované vybavení a reagencie, ale také specifické softwarové nástroje a algoritmy včetně basecallerů, assemblerů a nástrojů pro korekci assembly.

Sekvenátory Oxford Nanopore jsou (na rozdíl od přístrojů PacBio) levné a malé přístroje, což usnadňuje jejich pořízení nejen do laboratoří poskytovatelů sekvenačních služeb, jako je naše společnost nebo akademické core facility, ale i do mnoha výzkumných laboratořích přímo. Výzkumníci se mohou snadno naučit tyto přístroje používat a s jejich pomocí generovat sekvenační data, ale současně mohou narazit na problémy při analýze těchto dat, neboť používané nástroje a algoritmy jsou pro tuto sekvenační platformu specifické.

Náš workshop se zaměřuje na vědce, kteří se chtějí dozvědět více o práci s daty získanými pomocí Oxford Nanopore se zvláštním zaměřením na de novo assembly. V rámci workshopu budete samostatně provádět vlastní de novo assembly za použití poskytnutých datových souborů.

 

Komu je akce určena?

  • Akce je určena pro pokročilé zájemce, biology nebo bioinformatiky se zájmem o analýzu dat v dané oblasti.
  • Nutným předpokladem je znalost BASH a terminálu. Pokud nemáte s analýzou sekvenačních dat žádné zkušenosti, doporučujeme, abyste nejprve absolvovali obecněji zaměřený bioinformatický workshop Úvod do analýzy výsledků Next-Generation sekvenování, kde získáte potřebné základy.
  • V případě pochybností nás neváhejte kontaktovat.

 

Co se naučíte?

  • Budete seznámeni s různými nástroji a algoritmy Oxford Nanopore, assemblery Miniasm a Canu, nástrojem na opravy Racon atd.
  • Naučíte se provést nejen vlastní assembly, ale i kontrolu správnosti a korekce výstupu
  • Budete mít možnost komunikovat se zkušeným týmem přednášejících a ostatními účastníky

 


 

Program:

  • Technological overview
  • Assembly of MinION reads
  • Pre-assembly correction tools
  • Post-assembly correction tools
  • Evaluating assembly
  • Assembly visualization

 


 

Přednášející:

  • Tým přednášejících je složen z profesionálů, zaměstnanců firmy SEQme a případně pozvaných hostů – odborníků na dané téma, kteří se dlouhodobě věnují různým technologiím Next-Generation sekvenování. Zaměřují se nejen na analýzu dat, ale i na laboratorní zpracování vzorků v NGS laboratoři, návrh NGS projektů a další související úkony a jsou tudíž schopni poskytnout komplexní vhled do celé problematiky v souvislostech.
  • Firma SEQme není oficiálním distributorem žádné NGS technologické firmy (Illumina, IonTorrent, PacBio, OxfordNanopore atd.). Jsme uživatelé, tak jako vy. V našich sekvenačních laboratořích využíváme vždy ty nejvhodnější technologie různých výrobců, vždy s cílem maximálního efektu pro vaše sekvenační projekty. Takto získané znalosti následně sdílíme s účastníky našich kurzů a workshopů.

 

Jak akce probíhá?

  • Školitelé vždy vysvětlí daná témata pomocí prezentací, ale hlavní důraz je kladen na následné praktické demonstrace, aby se všichni účastníci aktivně učili používat vysvětlované postupy a nástroje
  • Všichni účastníci sami provádí důležité kroky analýzy NGS dat, každý má přidělen vlastní počítač!
  • Používáme výkonné počítače, které jsou všem účastníkům akce poskytnuty. Používání vlastních počítačů a/nebo datových souborů není možné.
  • Pokud se jedná o on-line workshop, budete potřebovat vlastní počítač a internet – vzdáleně se připojíte na naše výkonné analytické počítače. Tzn. na váš počítač nejsou kladeny žádné speciální nároky, určitě ale musíte mít administrátorská práva pro instalaci jednoho nebo dvou nezbytných programů, umožňujících připojení k nám. Jednoduché instrukce, jak se připojit na naše pracovní stanice, budou poskytnuty přihlášeným účastníkům v dostatečném předstihu před akcí. Doporučujeme, abyste měli sluchátka pro komunikaci s našimi lektory a zvažte možnost mít dva monitory – někdy je zapotřebí mít otevřeno více pracovních oken najednou, takže dva monitory jsou komfortnější.

 

Organizační informace:

  • Jazyk: Angličtina
  • Registrační poplatek zahrnuje tištěné prezentace ke kurzu/workshopu (pro on-line akce jsou prezentace poskytovány výhradně v elektronické formě). V případě, že se akce koná fyzicky, zahrnuje cena i obědy a občerstvení.
  • Případné ubytování a cestovní výdaje si účastníci zajišťují a hradí sami.
  • Upozorňujeme, že během akce nejsou prováděny žádné laboratorní experimenty.

 

Speciální nabídka:

Všechny naše kurzy a workshopy lze uspořádat rovněž na vašem pracovišti, pro vaši pracovní skupinu. Tedy jako akci na míru. Některé z našich akcí dokonce takto – na požadavek klienta – vznikly. Výhodou tohoto formátu je samozřejmě možnost připravit akci na klíč pro váš tým, reflektovat vaše specifické požadavky a potřeby, včetně možnosti pracovat s vašimi daty. V případě zájmu nás neváhejte kontaktovat.


Žádné termíny pro tento kurz nejsou vypsány.


Fotografie z našich kurzů...


© SEQme s.r.o., 2012 - 2020. Všechna práva vyhrazena. Právní upozornění.
webdesign Beneš & Michl