Analýza metagenomu – Bioinformatický workshop

Metagenomika je studium genetického materiálu získaného přímo ze vzorků životního prostředí. To je užitečné, když se pokoušíte pochopit, jaké mikroby jsou ve vzorku přítomny a co dělají v konkrétním prostředí.

Tradiční pracovní postup spočíval ve sbírání vzorku, jeho kultivaci a identifikaci. Tento přístup je velmi ztrátový, hlavním omezením samozřejmě je, že můžete pracovat pouze s tím, co roste. Drtivou většinu mikrobů však nelze kultivovat a pokud nerostou, tedy ani následně identifikovat.

Současná technologie, založená na bázi NGS, nám umožňuje zcela obejít kultivační krok a namísto toho extrahovat nukleové kyseliny přímo ze vzorku, což umožňuje přístup k teoreticky 100 % genetického obsahu ve vzorku. Umožňuje nám tedy zodpovědět dvě základní otázky, které jsou kladeny v každém projektu metagenomiky: Kdo tam je a co tam dělá?

V metagenomických projektech se uplatňují dva zásadní přístupy – sekvenování amplikonů, získaných amplifikací vhodných cílových oblastí, a shotgunové sekvenování. Každý přístup má své výhody a nevýhody. Amplikonové sekvenování je snazší, levnější a méně spolehlivé co se identifikace týká, umí odpovědět pouze na otázku „Kdo tam je?“. Shotgunové sekvenování je naopak komplexnější a nepochybně dražší, ale přináší přidanou hodnotu ve formě odpovědi i na otázku „Co tam dělá?“.

Náš metagenomický workshop je typicky ale ne nutně koncipován jako dvoudenní. První den budete analyzovat data získaná sekvenováním amplikonů (metataxonomika), druhý den shotgun sekvenováním (metagenomika) včetně metod statistického srovnání metagenomických vzorků. Budete zpracovávat data počínaje kontrolou jejich kvality, filtrováním, assembly / klastrováním až po taxonomickou klasifikaci, funkční zařazení a srovnávací metagenomiku.

 

Komu je akce určena?

  • Akce je určena pro pokročilé zájemce, biology nebo bioinformatiky se zájmem o analýzu dat v dané oblasti.
  • Nutným předpokladem je znalost BASH a terminálu. Pokud nemáte s analýzou sekvenačních dat žádné zkušenosti, doporučujeme, abyste nejprve absolvovali obecněji zaměřený bioinformatický workshop Úvod do analýzy výsledků Next-Generation sekvenování, kde získáte potřebné základy.
  • V případě pochybností nás neváhejte kontaktovat.

 

Co se naučíte?

  • Dozvíte se, jak vybrat a zvolit nejvhodnější postup pro taxonomickou analýzu vašich metagenomových dat
  • Naučíte se data zpracovávat, počínaje hrubými daty (ready) až po použití vybraných algoritmů na analýzu metagenomových dat
  • Získáte vlastní zkušenosti s celou řadou bioinformatických nástrojů zaměřených na analýzu NGS dat včetně pokročilých statistických nástrojů
  • Budete mít možnost komunikovat se zkušeným týmem přednášejících a ostatními účastníky

 


 

Program:

  • Metataxonomic analysis – The Amplicon Session
    • Amplicon sequencing of marker genes
    • Analysis of marker genes – practical part
      • Data preparation (sequence trimming, quality filtering, OTU clustering)
      • OTU table construction and OTUs classification
    • Evaluation of results from metataxonomic analysis
  • Metagenomic analysis – The Shotgun Session
    • Metagenome data processing and de novo assembly
    • Analysis of metagenomics data – practical part
      • Data preparation (adaptor trimming, quality filtering, digital normalization)
      • Annotation of contigs (MG-RAST)
      • Mapping reads to contigs (gene coverage/quantification, sample comparison)
      • Binning (MaxBin2)
      • Evaluation of results from metagenomic analysis

 


 

Přednášející:

  • Tým přednášejících je složen z profesionálů, zaměstnanců firmy SEQme a případně pozvaných hostů – odborníků na dané téma, kteří se dlouhodobě věnují různým technologiím Next-Generation sekvenování. Zaměřují se nejen na analýzu dat, ale i na laboratorní zpracování vzorků v NGS laboratoři, návrh NGS projektů a další související úkony a jsou tudíž schopni poskytnout komplexní vhled do celé problematiky v souvislostech.
  • Firma SEQme není oficiálním distributorem žádné NGS technologické firmy (Illumina, IonTorrent, PacBio, OxfordNanopore atd.). Jsme uživatelé, tak jako vy. V našich sekvenačních laboratořích využíváme vždy ty nejvhodnější technologie různých výrobců, vždy s cílem maximálního efektu pro vaše sekvenační projekty. Takto získané znalosti následně sdílíme s účastníky našich kurzů a workshopů.

 

Jak akce probíhá?

  • Školitelé vždy vysvětlí daná témata pomocí prezentací, ale hlavní důraz je kladen na následné praktické demonstrace, aby se všichni účastníci aktivně učili používat vysvětlované postupy a nástroje
  • Všichni účastníci sami provádí důležité kroky analýzy NGS dat, každý má přidělen vlastní počítač!
  • Používáme výkonné počítače, které jsou všem účastníkům akce poskytnuty. Používání vlastních počítačů a/nebo datových souborů není možné.
  • Pokud se jedná o on-line workshop, budete potřebovat vlastní počítač a internet – vzdáleně se připojíte na naše výkonné analytické počítače. Tzn. na váš počítač nejsou kladeny žádné speciální nároky, určitě ale musíte mít administrátorská práva pro instalaci jednoho nebo dvou nezbytných programů, umožňujících připojení k nám. Jednoduché instrukce, jak se připojit na naše pracovní stanice, budou poskytnuty přihlášeným účastníkům v dostatečném předstihu před akcí. Doporučujeme, abyste měli sluchátka pro komunikaci s našimi lektory a zvažte možnost mít dva monitory – někdy je zapotřebí mít otevřeno více pracovních oken najednou, takže dva monitory jsou komfortnější.

 

Organizační informace:

  • Jazyk: Angličtina
  • Registrační poplatek zahrnuje tištěné prezentace ke kurzu/workshopu (pro on-line akce jsou prezentace poskytovány výhradně v elektronické formě). V případě, že se akce koná fyzicky, zahrnuje cena i obědy a občerstvení.
  • Případné ubytování a cestovní výdaje si účastníci zajišťují a hradí sami.
  • Upozorňujeme, že během akce nejsou prováděny žádné laboratorní experimenty.

 

Speciální nabídka:

Všechny naše kurzy a workshopy lze uspořádat rovněž na vašem pracovišti, pro vaši pracovní skupinu. Tedy jako akci na míru. Některé z našich akcí dokonce takto – na požadavek klienta – vznikly. Výhodou tohoto formátu je samozřejmě možnost připravit akci na klíč pro váš tým, reflektovat vaše specifické požadavky a potřeby, včetně možnosti pracovat s vašimi daty. V případě zájmu nás neváhejte kontaktovat.


Žádné termíny pro tento kurz nejsou vypsány.


Fotografie z našich kurzů...


© SEQme s.r.o., 2012 - 2020. Všechna práva vyhrazena. Právní upozornění.
webdesign Beneš & Michl