Mikrobiom a metagenom - workshop zaměřený na bioinformatickou analýzu dat

1. - 5.4.2019 08:30 - 17:00 České Budějovice, Česká republika 1 250 € bez DPH Angličtina Volná místa: 19

Bioinformatické zpracování dat z mikrobiomiky a metagenomiky počínaje kontrolou kvality dat, filtrováním, assembly/klastrováním až po taxonomickou klasifikaci, funkční zařazení a srovnávací metagenomiku. 
V rámci workshopu budete analyzovat data získaná jak sekvenováním amplikonů tak i celogenomovým (shotgun) sekvenováním včetně metod statistického srovnání metagenomických vzorků. Budete stručně seznámeni s operačním systémem Linux a v tomto prostředí budete následně pomocí veřejně dostupných nástrojů analyzovat sekvenační data.

 

Komu je workshop určen?

Workshop je určen pro molekulární biology nebo bioinformatiky, začátečníky i pokročilé uživatele se zájmem o analýzu výsledků v oblasti metagenomiky / mikrobiomiky. Nevyžaduje se žádná předchozí zkušenost s analýzou sekvenačních dat ani programovací dovednosti. 

 

Co se naučíte?

  • Jak provádět základní operace s NGS daty
  • Jak vybrat a použít nejvhodnější postup pro taxonomickou analýzu vašich metagenomových / mikrobiomových dat
  • Jak data zpracovávat počínaje hrubými daty (ready) až po použití vybraných algoritmů na analýzu metagenomových dat
  • Získáte vlastní zkušenosti s celou řadou bioinformatických nástrojů zaměřených na analýzu NGS dat
  • Budete mít možnost celý týden komunikovat se zkušeným týmem přednášejících a ostatními účastníky

A co dostanete?

  • Poslední den workshopu dostanete bootovatelný USB disk, na němž budou uloženy všechny použité nástroje a všechna Vámi analyzovaná data
  • Odnesete si svou pětidenní práci s sebou a můžete na ni kdykoliv navázat po návratu do své laboratoře!

 

V průběhu workshopu...

  • Školitelé vždy vysvětlí daná témata pomocí prezentací, ale hlavní důraz je kladen na následné praktické demonstrace, aby se všichni účastníci aktivně učili používat vysvětlované postupy a nástroje
  • Všichni účastníci budou sami provádět důležité kroky analýzy NGS dat!
  • Používáme výkonné počítače, které jsou všem účastníkům poskytnuty (používání vlastních počítačů není možné)
  • Připravte se na velmi intenzivní týden...

 


 

Program workshopu:

Day 1: Linux as a scientific tool - Get to know the environment

  • General introduction to data analysis
  • Introduction to the Linux system
  • Basic commands in Terminal and their practical use
  • Overview of common data formats

Day 2: Basic operations with NGS data Get a full picture of NGS workflow

  • Current NGS technologies
  • Quality control of sequence data
  • Editing sequences in various programs
  • Introduction to alignment

Day 3: Read mapping and alignment visualization - The must-have skills

  • Read mapping
  • Quality control of alignment sequencing data
  • Alignment visualization

Day 4: Metataxonomic analysis - The Amplicon Session

  • Amplicon sequencing of marker genes
  • Analysis of marker genes - practical part
    • Data preparation (sequence trimming, quality filtering, OTU clustering)
    • OTU table construction and OTUs classification
  • Evaluation of results from metataxonomic analysis

Day 5: Metagenomic analysis - The Shotgun Session

  • Metagenome data processing and de novo assembly
  • Analysis of metagenomics data - practical part
    • Data preparation (adaptor trimming, quality filtering, digital normalization)
    • Annotation of contigs (MG-RAST)
    • Mapping reads to contigs (gene coverage/quantification, sample comparison)
    • Binning (MaxBin2)
    • Evaluation of results from metagenomic analysis

 


 

Přednášející

Tým přednášejících je složen z profesionálů, kteří se zaměřují nejen na analýzu dat, ale i na laboratorní zpracování vzorků metagenomu / mikrobiomu v NGS laboratoři a další související úkony a jsou tudíž schopni poskytnout komplexní vhled do celé problematiky v souvislostech.

  • Pavlína Kočová, Bioinformatik
  • Štěpán Stočes, Bioinformatik
  • Petr Vácha, NGS Aplikační specialista
  • Tomáš Větrovský, Bioinformatik

 

Organizace workshopu

  • Jazyk: Angličtina
  • Registrační poplatek zahrnuje: Materiály k workshopu, obědy/občerstvení
  • Akce: Komentovaná prohlídka pivovaru Budvar + společná večeře spojená s ochutnávkou místních vzorků kvasinek (obojí rovněž zahrnuto v registračním poplatku)
  • Jak se dostat na místo konání?
  • Ubytování a cestovní výdaje si účastníci zajišťují a hradí sami. Upozorňujeme, že v rámci workshopu nejsou prováděny žádné laboratorní experimenty.

 

Ke stažení

 

Zdroje

Základní znalost BASH a terminálu není požadovaná, ale je výhodou. Doporučujeme projít některý z volně dostupných návodů, např. na tomto odkazu.

      

 


Mikrobiom a metagenom - workshop zaměřený na bioinformatickou analýzu dat

Datum: 1. - 5.4.2019
Čas: 08:30 - 17:00
Místo: České Budějovice, Česká republika
Adresa: South Bohemian Science and Technology Park, Lipová 1789/9, České Budějovice, Czech Republic
Cena: 1 250 € bez DPH
Jazyk: Angličtina
Volná místa: 19
Chci se přihlásit

Fotografie z našich kurzů...




© SEQme s.r.o., 2012 - 2019. Všechna práva vyhrazena. Právní upozornění.
webdesign Beneš & Michl