Bioinformatické zpracování NGS dat - ON LINE WORKSHOP pro začátečníky!

22. - 24.4.2020 08:30 - 17:00 Brno, Česká republika 750 € bez DPH Angličtina Volná místa: 1

V současné době představují sekvenační technologie nové generace nezbytnou součást téměř všech disciplín biologických věd ve výzkumu a diagnostice. Vzhledem k jejich množství a zejména složitosti jsou NGS data typicky zpracovávána kvalifikovanými bioinformatiky. To představuje vážný problém i pro zkušené vědce, kteří nikdy tuto oblast vědy nestudovali, a to prostě proto, že je příliš čerstvá, a najednou je potřeba přizpůsobit se zcela novým nástrojům, pracovním postupům a vědecké terminologii ne proto, abychom analýzu NGS dat sami prováděli – konec konců to je přeci důvod, proč máme bioinformatiky, ale abychom ji správně pochopili.

Náš workshop vám umožní pochopit základy zpracování NGS dat. Cílem workshopu je naučit se provádět základní kroky analýzy NGS dat včetně manipulace s hrubými daty, kontroly kvality, odstranění nekvalitních sekvencí, sekvenčních adaptérů, artefaktů nebo jiných kontaminací, a zejména přípravu souboru dat o vysoké kvalitě, který lze použít pro následnou analýzu.

Seznámíte se s různými formáty NGS dat, dozvíte se o konkrétních problémech používaných sekvenačních technologií a jak s nimi pracovat a pochopíte pozadí jednotlivých procesů používaných k úpravě NGS dat. Po tomto třídenním workshopu se nestanete bioinformatikem, ale budete na dobré cestě stát se kvalifikovaným partnerem pro bioinformatiky ve vašem týmu.

Poznámka: Pokud nejste obeznámeni s technologiemi Next-Generation sekvenování, doporučujeme vám rozhodně účast i na našem dvoudenním kurzu Základy Next-Generation sekvenování, který workshopu termínově předchází.

 

Komu je workshop určen?

Workshop je určen pro biology nebo začátečníky v bioinformatice se zájmem o analýzu výsledků Next-Generation sekvenování. Nevyžaduje se žádná předchozí zkušenost s analýzou sekvenačních dat ani programovací dovednosti.

 

Co se naučíte?

  • Jak pracovat v příkazové řádce systému Ubuntu
  • Jak zhodnotit kvalitu hrubých NGS dat
  • Jak provádět základní operace s NGS daty
  • Jak odstranit ready s nízkou kvalitou, sekvenační artefakty, duplikace a kontaminace
  • Jak zobrazit výsledky
  • Budete mít možnost komunikovat se zkušeným týmem přednášejících a ostatními účastníky

V souhrnu se naučíte všechny základní kroky přípravy NGS dat pro následné bioinformatické zpracování, specifické pro tu kterou aplikaci.

 

A co dostanete?

  • Poslední den workshopu dostanete bootovatelný USB disk, na němž budou uloženy všechny použité nástroje a všechna Vámi analyzovaná data
  • Odnesete si svou třídenní práci s sebou a můžete na ni kdykoliv navázat po návratu do své laboratoře!

 

V průběhu workshopu...

  • Školitelé vždy vysvětlí daná témata pomocí prezentací, ale hlavní důraz je kladen na následné praktické demonstrace, aby se všichni účastníci aktivně učili používat vysvětlované postupy a nástroje
  • Všichni účastníci budou sami provádět důležité kroky analýzy NGS dat!
  • Používáme výkonné počítače, které jsou všem účastníkům poskytnuty (používání vlastních počítačů není možné)
  • Připravte se na velmi intenzivní workshop...

 


 

Program workshopu:

Day 1: Unix and how do I use it? - Get to know the environment

  • General introduction to NGS data
  • Overview of NGS data formats
  • Introduction to the Linux system
  • Navigation and basic commands in the Terminal

Day 2: NGS data quality control Was my sequencing successfull?

  • Standard commands in the Terminal to process NGS data
  • Visualization of the quality of raw NGS data
  • Pre-processing of short-reads FASTA/FASTQ files using various programs

Day 3: How do I get high quality NGS data set? - Get the best out of it!

  • Read mapping to the reference sequence
  • Visualization and evaluation of mapping quality
  • Identification and removal of duplicate reads
  • Identification of unmapped reads – Blast
  • ...

 


 

Přednášející

Tým přednášejících je složen z profesionálů, kteří se zaměřují nejen na analýzu dat, ale i na laboratorní zpracování vzorků v NGS laboratoři a další související úkony a jsou tudíž schopni poskytnout komplexní vhled do celé problematiky v souvislostech.

  • Pavlína Kočová, Bioinformatik
  • Štěpán Stočes, Bioinformatik
  • Petr Vácha, NGS Aplikační specialista

 

Organizace workshopu

  • Jazyk: Angličtina
  • Registrační poplatek zahrnuje: Materiály ke kurzu (budou zaslány každému účastníkovi před kurzem)
  • WORKSHOP SE KONÁ ONLINE V PROSTŘEDÍ ZOOMCLOUD A POMOCÍ VZDÁLENÉHO PŘIPOJENÍ NA POČÍTAČE PROVÁDĚJÍCÍ ANALÝZU DAT (jeden počítač na jednoho účastníka)
  • Nepotřebujete žádný speciální hardware, pouze internetové připojení a standardní počítač, na který si jednoduše nainstalujete námi dodaný software
  • Přihlašovací údaje a instalační pokyny budou včas poskytnuty

 

Ke stažení

 

Zdroje

Základní znalost BASH a terminálu není požadovaná, ale je výhodou. Doporučujeme projít některý z volně dostupných návodů, např. na tomto odkazu.

 


Bioinformatické zpracování NGS dat - ON LINE WORKSHOP pro začátečníky!

Datum: 22. - 24.4.2020
Čas: 08:30 - 17:00
Místo: Brno, Česká republika
Adresa: JIC INBIT, Kamenice 34, Brno
Cena: 750 € bez DPH
Jazyk: Angličtina
Volná místa: 1
Chci se přihlásit

Fotografie z našich kurzů...


© SEQme s.r.o., 2012 - 2020. Všechna práva vyhrazena. Právní upozornění.
webdesign Beneš & Michl