V současné době představují sekvenační technologie nové generace (Next-Generation sekvenování) nezbytnou součást téměř všech disciplín biologických věd ve výzkumu a diagnostice. Vzhledem k jejich množství a zejména složitosti jsou NGS data typicky zpracovávána kvalifikovanými bioinformatiky. To představuje vážný problém i pro zkušené odborníky, kteří nikdy oblast NGS nestudovali, a to prostě proto, že je příliš čerstvá, a najednou je potřeba přizpůsobit se zcela novým nástrojům, pracovním postupům a vědecké terminologii ne proto, abychom analýzu NGS dat sami prováděli – konec konců to je přeci důvod, proč máme bioinformatiky, ale abychom dokázali pokládat správné otázky a správně pochopili získané výsledky.
Náš workshop vám umožní pochopit základy zpracování NGS dat. Jeho cílem je naučit se provádět základní kroky analýzy NGS dat včetně manipulace s hrubými daty, kontroly kvality, odstranění nekvalitních sekvencí, sekvenčních adaptérů, artefaktů nebo jiných kontaminací. Výsledkem by mělo být dokonalé zvládnutí postupu, jehož výstupem je soubor dat o vysoké kvalitě, který lze použít pro následnou analýzu.
Seznámíte se s různými formáty NGS dat, dozvíte se o konkrétních výhodách a nevýhodách používaných sekvenačních technologií a jak s nimi nakládat a pochopíte pozadí jednotlivých procesů používaných k úpravě NGS dat. Po tomto třídenním workshopu se nestanete bioinformatikem, ale budete na dobré cestě stát se kvalifikovaným partnerem pro bioinformatiky ve vašem týmu.
Komu je akce určena?
- Akce je určena pro biology nebo bioinformatiky se zájmem o analýzu výsledků Next-Generation sekvenování. Je mimořádně vhodná pro úplné začátečníky v oblasti analýzy dat, nevyžaduje se žádná předchozí zkušenost s analýzou sekvenačních dat.
- Nutným předpokladem je počítačová gramotnost a základní znalosti molekulární biologie (DNA, RNA, genová exprese, PCR). Znalost BASH a terminálu není požadovaná, ale je výhodou. Doporučujeme projít některý z volně dostupných návodů, např. na tomto odkazu.
- Pokud již nějaké zkušenosti v oblasti analýzy sekvenačních dat máte a chcete si je oživit a případně prohloubit (bez ohledu na specifické postupy pro konkrétní NGS aplikaci), je tato akce rovněž pro vás.
- Nemáte-li naopak vůbec žádné znalosti v oblasti NGS, doporučujeme vám absolvovat nejprve teoretický kurz Úvod do Next-Generation sekvenování.
- V případě pochybností nás neváhejte kontaktovat.
Co se naučíte?
- Jak pracovat v příkazové řádce systému Ubuntu
- Jak zhodnotit kvalitu hrubých NGS dat
- Jak provádět základní operace s NGS daty
- Jak odstranit sekvenační ready s nízkou kvalitou, artefakty, duplikace a kontaminace
- Jak zobrazit výsledky
- Budete mít možnost komunikovat se zkušeným týmem přednášejících a ostatními účastníky
V souhrnu se naučíte všechny základní kroky přípravy NGS dat pro následné bioinformatické zpracování, které již je specifické pro konkrétní aplikaci.
Program:
|
Day 1: Unix and how do I use it? - Get to know the environment
Day 2: NGS data quality control - Was my sequencing successfull?
|
Day 3: How do I get high quality NGS data set? - Get the best out of it!
|
Přednášející:
Tým přednášejících je složen z profesionálů, zaměstnanců firmy SEQme a případně pozvaných hostů – odborníků na dané téma, kteří se dlouhodobě věnují různým technologiím Next-Generation sekvenování. Zaměřují se nejen na analýzu dat, ale i na laboratorní zpracování vzorků v NGS laboratoři, návrh NGS projektů a další související úkony a jsou tudíž schopni poskytnout komplexní vhled do celé problematiky v souvislostech.
Jak akce probíhá?
- Školitelé vždy vysvětlí daná témata pomocí prezentací, ale hlavní důraz je kladen na následné praktické demonstrace, aby se všichni účastníci aktivně učili používat vysvětlované postupy a nástroje
- Všichni účastníci sami provádí důležité kroky analýzy NGS dat, každý má přidělen vlastní počítač!
- Používáme výkonné počítače, které jsou všem účastníkům akce poskytnuty. Používání vlastních počítačů a/nebo datových souborů není možné.
Organizační informace:
- Jazyk: Angličtina
- Registrační poplatek zahrnuje tištěné prezentace ke kurzu/workshopu, obědy a občerstvení.
- Případné ubytování a cestovní výdaje si účastníci zajišťují a hradí sami.
- Upozorňujeme, že během akce nejsou prováděny žádné laboratorní experimenty.
Speciální nabídka:
Všechny naše kurzy a workshopy lze uspořádat rovněž na vašem pracovišti, pro vaši pracovní skupinu. Tedy jako akci na míru. Některé z našich akcí dokonce takto – na požadavek klienta – vznikly. Výhodou tohoto formátu je samozřejmě možnost připravit akci na klíč pro váš tým, reflektovat vaše specifické požadavky a potřeby, včetně možnosti pracovat s vašimi daty. V případě zájmu nás neváhejte kontaktovat.
