Analýza výsledků Next-Generation sekvenování – Workshop pro začátečníky

19. - 21.5.2021 09:00 - 17:00 Warsaw, Polsko 3 300 PLN bez DPH Angličtina Volná místa: 12

V současné době představují sekvenační technologie nové generace (Next-Generation sekvenování) nezbytnou součást téměř všech disciplín biologických věd ve výzkumu a diagnostice. Vzhledem k jejich množství a zejména složitosti jsou NGS data typicky zpracovávána kvalifikovanými bioinformatiky. To představuje vážný problém i pro zkušené odborníky, kteří nikdy oblast NGS nestudovali, a to prostě proto, že je příliš čerstvá, a najednou je potřeba přizpůsobit se zcela novým nástrojům, pracovním postupům a vědecké terminologii ne proto, abychom analýzu NGS dat sami prováděli – konec konců to je přeci důvod, proč máme bioinformatiky, ale abychom dokázali pokládat správné otázky a správně pochopili získané výsledky.

Náš workshop vám umožní pochopit základy zpracování NGS dat. Jeho cílem je naučit se provádět základní kroky analýzy NGS dat včetně manipulace s hrubými daty, kontroly kvality, odstranění nekvalitních sekvencí, sekvenčních adaptérů, artefaktů nebo jiných kontaminací. Výsledkem by mělo být dokonalé zvládnutí postupu, jehož výstupem je soubor dat o vysoké kvalitě, který lze použít pro následnou analýzu.

Seznámíte se s různými formáty NGS dat, dozvíte se o konkrétních výhodách a nevýhodách používaných sekvenačních technologií a jak s nimi nakládat a pochopíte pozadí jednotlivých procesů používaných k úpravě NGS dat. Po tomto třídenním workshopu se nestanete bioinformatikem, ale budete na dobré cestě stát se kvalifikovaným partnerem pro bioinformatiky ve vašem týmu.

 

Komu je akce určena?

  • Akce je určena pro biology nebo bioinformatiky se zájmem o analýzu výsledků Next-Generation sekvenování. Je mimořádně vhodná pro úplné začátečníky v oblasti analýzy dat, nevyžaduje se žádná předchozí zkušenost s analýzou sekvenačních dat.
  • Nutným předpokladem je počítačová gramotnost a základní znalosti molekulární biologie (DNA, RNA, genová exprese, PCR). Znalost BASH a terminálu není požadovaná, ale je výhodou. Doporučujeme projít některý z volně dostupných návodů, např. na tomto odkazu.
  • Pokud již nějaké zkušenosti v oblasti analýzy sekvenačních dat máte a chcete si je oživit a případně prohloubit (bez ohledu na specifické postupy pro konkrétní NGS aplikaci), je tato akce rovněž pro vás.
  • Nemáte-li naopak vůbec žádné znalosti v oblasti NGS, doporučujeme vám absolvovat nejprve teoretický kurz Úvod do Next-Generation sekvenování.
  • V případě pochybností nás neváhejte kontaktovat.

 

Co se naučíte?

  • Jak pracovat v příkazové řádce systému Ubuntu
  • Jak zhodnotit kvalitu hrubých NGS dat
  • Jak provádět základní operace s NGS daty
  • Jak odstranit sekvenační ready s nízkou kvalitou, artefakty, duplikace a kontaminace
  • Jak zobrazit výsledky
  • Budete mít možnost komunikovat se zkušeným týmem přednášejících a ostatními účastníky

V souhrnu se naučíte všechny základní kroky přípravy NGS dat pro následné bioinformatické zpracování, které již je specifické pro konkrétní aplikaci.

 


 

Program:

Day 1: Unix and how do I use it? - Get to know the environment

  • General introduction to NGS data
  • Overview of NGS data formats
  • Introduction to the Linux system
  • Navigation and basic commands in the Terminal

Day 2: NGS data quality control Was my sequencing successfull?

  • Standard commands in the Terminal to process NGS data
  • Visualization of the quality of raw NGS data
  • Pre-processing of short-reads FASTA/FASTQ files using various programs

Day 3: How do I get high quality NGS data set? - Get the best out of it!

  • Read mapping to the reference sequence
  • Visualization and evaluation of mapping quality
  • Identification and removal of duplicate reads
  • Identification of unmapped reads – Blast
  • ...

 


 

Přednášející:

  • Tým přednášejících je složen z profesionálů, zaměstnanců firmy SEQme a případně pozvaných hostů – odborníků na dané téma, kteří se dlouhodobě věnují různým technologiím Next-Generation sekvenování. Zaměřují se nejen na analýzu dat, ale i na laboratorní zpracování vzorků v NGS laboratoři, návrh NGS projektů a další související úkony a jsou tudíž schopni poskytnout komplexní vhled do celé problematiky v souvislostech.
  • Firma SEQme není oficiálním distributorem žádné NGS technologické firmy (Illumina, IonTorrent, PacBio, OxfordNanopore atd.). Jsme uživatelé, tak jako vy. V našich sekvenačních laboratořích využíváme vždy ty nejvhodnější technologie různých výrobců, vždy s cílem maximálního efektu pro vaše sekvenační projekty. Takto získané znalosti následně sdílíme s účastníky našich kurzů a workshopů.

 

Jak akce probíhá?

  • Školitelé vždy vysvětlí daná témata pomocí prezentací, ale hlavní důraz je kladen na následné praktické demonstrace, aby se všichni účastníci aktivně učili používat vysvětlované postupy a nástroje
  • Všichni účastníci sami provádí důležité kroky analýzy NGS dat, každý má přidělen vlastní počítač!
  • Používáme výkonné počítače, které jsou všem účastníkům akce poskytnuty. Používání vlastních počítačů a/nebo datových souborů není možné.

 

Organizační informace:

  • Jazyk: Angličtina
  • Registrační poplatek zahrnuje tištěné prezentace ke kurzu/workshopu, obědy a občerstvení.
  • Případné ubytování a cestovní výdaje si účastníci zajišťují a hradí sami.
  • Upozorňujeme, že během akce nejsou prováděny žádné laboratorní experimenty.

 

Speciální nabídka:

Všechny naše kurzy a workshopy lze uspořádat rovněž na vašem pracovišti, pro vaši pracovní skupinu. Tedy jako akci na míru. Některé z našich akcí dokonce takto – na požadavek klienta – vznikly. Výhodou tohoto formátu je samozřejmě možnost připravit akci na klíč pro váš tým, reflektovat vaše specifické požadavky a potřeby, včetně možnosti pracovat s vašimi daty. V případě zájmu nás neváhejte kontaktovat.

 


Analýza výsledků Next-Generation sekvenování – Workshop pro začátečníky

Nadcházející termíny:

Datum: 19. - 21.5.2021
Čas: 09:00 - 17:00
Místo: Warsaw, Polsko
Adresa: IBIB Conference Centre, Ks. Trojdena 4
Jak se dostat na místo konání?
Cena: 3 300 PLN bez DPH
Jazyk: Angličtina
Volná místa: 12
Chci se přihlásit

Fotografie z našich kurzů...


© SEQme s.r.o., 2012 - 2020. Všechna práva vyhrazena. Právní upozornění.
webdesign Beneš & Michl