5. Pražská podzimní škola analýzy NGS dat - RNASeq data analysis Workshop

7. - 11.10.2019 08:30 - 17:00 Prague, Česká republika 1 250 € bez DPH Angličtina Volná místa: 4

Stejně jako v předešlých letech i letos Vás zveme na náš workshop zaměřený na základní kroky analýzy dat získaných metodami Next-Generation sekvenování. Na programu tohoto pětidenního intenzivního workshopu je kontrola kvality dat, editace sekvencí, mapování a alignment. Kromě toho se v letošním roce speciálně zaměříme na RNASeq.

Budete stručně seznámeni s operačním systémem Linux a v tomto prostředí budete následně pomocí veřejně dostupných nástrojů analyzovat sekvenační data.

 

Komu je workshop určen?

Workshop je určen pro molekulární biology nebo bioinformatiky, začátečníky i pokročilé uživatele se zájmem o analýzu výsledků Next-Generation sekvenování. Nevyžaduje se žádná předchozí zkušenost s analýzou sekvenačních dat ani programovací dovednosti. 

 

Co se naučíte?

  • Jak provádět základní operace s NGS daty
  • Jak vybrat a použít nejvhodnější postup pro RNASeq analýzu a jak zhodnotit její výstupy
  • Získáte vlastní zkušenosti s celou řadou bioinformatických nástrojů zaměřených na analýzu NGS dat
  • Budete mít možnost celý týden komunikovat se zkušeným týmem přednášejících a ostatními účastníky

A co dostanete?

  • Poslední den workshopu dostanete bootovatelný USB disk, na němž budou uloženy všechny použité nástroje a všechna Vámi analyzovaná data
  • Odnesete si svou pětidenní práci s sebou a můžete na ni kdykoliv navázat po návratu do své laboratoře!

 

V průběhu workshopu…

  • Školitelé vždy vysvětlí daná témata pomocí prezentací, ale hlavní důraz je kladen na následné praktické demonstrace, aby se všichni účastníci aktivně učili používat vysvětlované postupy a nástroje
  • Všichni účastníci budou sami provádět všechny kroky analýzy NGS dat!
  • Používáme výkonné počítače, které jsou všem účastníkům poskytnuty (používání vlastních počítačů není možné)

Připravte se na velmi intenzivní týden…

 


 

Program workshopu:

Day 1: Linux as a scientific tool - Go beyond the graphical interface

  • General introduction to data analysis
  • Unix environment for bioinformatical analysis
  • Introduction to the Linux system
  • Basic commands in Terminal and their practical use
  • Overview of common data formats

Day 2-3: Basic operations with NGS data Get the full picture of NGS workflow

  • Working with data from NCBI and other databases (SRAtool kit)
  • Quality control of sequence data (FastQC, MultiQC, ...)
  • Editing sequences in various programs (FASTX-toolkit ...)
  • Introduction to alignment
  • Alignment and read mapping
  • Introduction to R

Day 4-5: RNASeq data analysis

  • Mapping to genome and gene expression estimation
  • Mapping to transcriptome and transcript abundance estimation
  • Count data standardization and quality control
  • Exploratory data analysis, dimensionality reduction, clustering
  • Analysis of differential expression
  • Multiple comparisons problem
  • Biological interpretation using Gene Set Enrichment Analysis
  • Data visualization

Various tools will be explained and used including but not limited to HiSAT2, Salmon, MultiQC, R, DESeq2, FDR, goseq, GO, KEGG...

  •  

 

 


 

Přednášející

Tým přednášejících je složen z profesionálů, kteří se zaměřují nejen na analýzu dat, ale i na laboratorní zpracování vzorků v NGS laboratoři a další související úkony a jsou tudíž schopni poskytnout komplexní vhled do celé problematiky v souvislostech.

  • Pavlína Kočová, Bioinformatik, SEQme
  • Michal Kolář, Bioinformatik, Ústav molekulární genetiky AVČR
  • Jiří Novotný, Bioinformatik, Ústav molekulární genetiky AVČR
  • Štěpán Stočes, Bioinformatik, SEQme
  • Petr Vácha, NGS Aplikační specialista, SEQme
             

 

Organizace workshopu

  • Jazyk: Angličtina
  • Registrační poplatek zahrnuje: Materiály k workshopu, obědy/občerstvení
  • Akce: Vyhlídková platba po Vltavě + společná večeře (obojí rovněž zahrnuto v registračním poplatku)
  • Jak se dostat na místo konání?
  • Ubytování a cestovní výdaje si účastníci zajišťují a hradí sami. Upozorňujeme, že v rámci workshopu nejsou prováděny žádné laboratorní experimenty.

 

Ke stažení

 

Zdroje

Základní znalost BASH, terminálu a R není požadovaná, ale je výhodou. Doporučujeme projít některý z volně dostupných návodů, např. na tomto nebo tomto odkazu.


5. Pražská podzimní škola analýzy NGS dat - RNASeq data analysis Workshop

Datum: 7. - 11.10.2019
Čas: 08:30 - 17:00
Místo: Prague, Česká republika
Adresa: Conference Centre, Institute of Molecular Genetics, Videnska 1083, 14220 Prague, Czech Republic
Cena: 1 250 € bez DPH
Jazyk: Angličtina
Volná místa: 4
Chci se přihlásit

Fotografie z našich kurzů...




© SEQme s.r.o., 2012 - 2019. Všechna práva vyhrazena. Právní upozornění.
webdesign Beneš & Michl