Stejně jako v předešlých letech i letos Vás zveme na náš workshop zaměřený na základní kroky analýzy dat získaných metodami Next-Generation sekvenování. Na programu tohoto pětidenního intenzivního workshopu je kontrola kvality dat, editace sekvencí, mapování a alignment. Kromě toho se v letošním roce opět zaměříme na RNASeq.
Budete stručně seznámeni s operačním systémem Linux a v tomto prostředí budete následně pomocí veřejně dostupných nástrojů analyzovat sekvenační data.
Komu je workshop určen?
Workshop je určen pro molekulární biology nebo bioinformatiky, začátečníky i pokročilé uživatele se zájmem o analýzu výsledků Next-Generation sekvenování. Nevyžaduje se žádná předchozí zkušenost s analýzou sekvenačních dat ani programovací dovednosti.
Co se naučíte?
- Jak provádět základní operace s NGS daty
- Jak vybrat a použít nejvhodnější postup pro RNASeq analýzu a jak zhodnotit její výstupy
- Získáte vlastní zkušenosti s celou řadou bioinformatických nástrojů zaměřených na analýzu NGS dat
- Budete mít možnost celý týden komunikovat se zkušeným týmem přednášejících a ostatními účastníky
A co dostanete?
- Poslední den workshopu dostanete bootovatelný USB disk, na němž budou uloženy všechny použité nástroje a všechna Vámi analyzovaná data
- Odnesete si svou pětidenní práci s sebou a můžete na ni kdykoliv navázat po návratu do své laboratoře!
V průběhu workshopu…
- Školitelé vždy vysvětlí daná témata pomocí prezentací, ale hlavní důraz je kladen na následné praktické demonstrace, aby se všichni účastníci aktivně učili používat vysvětlované postupy a nástroje
- Všichni účastníci budou sami provádět všechny kroky analýzy NGS dat!
- Používáme výkonné počítače, které jsou všem účastníkům poskytnuty (používání vlastních počítačů není možné)
Připravte se na velmi intenzivní týden…
Program workshopu:
|
Day 1: Linux as a scientific tool - Go beyond the graphical interface
Day 2-3: Basic operations with NGS data - Get the full picture of NGS workflow
|
Day 4-5: RNASeq data analysis
Various tools will be explained and used including but not limited to HiSAT2, Salmon, MultiQC, R, DESeq2, FDR, goseq, GO, KEGG... |
Přednášející
Tým přednášejících je složen z profesionálů, kteří se zaměřují nejen na analýzu dat, ale i na laboratorní zpracování vzorků v NGS laboratoři a další související úkony a jsou tudíž schopni poskytnout komplexní vhled do celé problematiky v souvislostech.
|
  |
Organizace workshopu
- Jazyk: Angličtina
- Registrační poplatek zahrnuje: Materiály k workshopu, obědy/občerstvení
- Jak se dostat na místo konání?
- Ubytování a cestovní výdaje si účastníci zajišťují a hradí sami. Upozorňujeme, že v rámci workshopu nejsou prováděny žádné laboratorní experimenty.
Zdroje
Základní znalost BASH, terminálu a R není požadovaná, ale je výhodou. Doporučujeme projít některý z volně dostupných návodů, např. na tomto nebo tomto odkazu.
Speciální nabídka:
Všechny naše kurzy a workshopy lze uspořádat rovněž na vašem pracovišti, pro vaši pracovní skupinu. Tedy jako akci na míru. Některé z našich akcí dokonce takto – na požadavek klienta – vznikly. Výhodou tohoto formátu je samozřejmě možnost připravit akci na klíč pro váš tým, reflektovat vaše specifické požadavky a potřeby, včetně možnosti pracovat s vašimi daty. V případě zájmu nás neváhejte kontaktovat.
