Detekce virů metodou de-novo assembly - workshop

18. - 22.11.2019 08:30 - 17:00 Brno, Česká republika 1 250 € bez DPH Angličtina Volná místa: 0

Na podzim roku 2019 zařazujeme do naší nabídky akcí nový workshop zaměřený na detekci a identifikaci virů pomocí de-novo assembly.

Podobně jako naše ostatní workshopy i tato pětidenní akce sestává z nezbytného úvodu do analýzy NGS dat, kdy pod dohledem zkušených lektorů získáte podrobný přehled a seznámíte se s potřebnými bioinformatickými nástroji (první tři dny). Tento zevrubný úvod do tematiky byl upraven tak, aby účastníky navedl do sekce zaměřené na de-novo assembly (čtvrtý den), jejíž výsledky získané na základě analýzy malých RNA jsou následně podrobeny speciálním bioinformatickým postupům zaměřeným na detekci a identifikaci virů (poslední den).

Po úspěšném dokončení workshopu budete schopni provádět detekci virů pomocí de novo assembly sekvencí malých RNA získaných metodami Next-Generation sekvenování (postup bude demonstrován pomocí malého datového souboru tak, aby byl časově proveditelný).

 

Komu je workshop určen?

Workshop je určen pro molekulární biology nebo bioinformatiky, začátečníky i pokročilé uživatele se zájmem o analýzu výsledků Next-Generation sekvenování a detekci a identifikaci virů. Nevyžaduje se žádná předchozí zkušenost s analýzou sekvenačních dat ani programovací dovednosti. 

 

Co se naučíte?

  • Jak provádět základní operace s NGS daty
  • Jak detekovat přítomnost virů pomocí de-novo assembly
  • Získáte vlastní zkušenosti s celou řadou bioinformatických nástrojů zaměřených na analýzu NGS dat
  • Budete mít možnost celý týden komunikovat se zkušeným týmem přednášejících a ostatními účastníky

A co dostanete?

  • Poslední den workshopu dostanete bootovatelný USB disk, na němž budou uloženy všechny použité nástroje a všechna Vámi analyzovaná data
  • Odnesete si svou pětidenní práci s sebou a můžete na ni kdykoliv navázat po návratu do své laboratoře!

 

V průběhu workshopu…

  • Školitelé vždy vysvětlí daná témata pomocí prezentací, ale hlavní důraz je kladen na následné praktické demonstrace, aby se všichni účastníci aktivně učili používat vysvětlované postupy a nástroje
  • Všichni účastníci budou sami provádět všechny kroky analýzy NGS dat!
  • Používáme výkonné počítače, které jsou všem účastníkům poskytnuty (používání vlastních počítačů není možné)

 


 

Program workshopu:

Day 1 – Introduction to data analysis:

  • General introduction to NGS data analysis
  • Basic commands in Terminal and navigation
  • Overview of common bioinformatics file formats
  • NGS databases (UCSC, ENSEMBL, NCBI)
  • Unix commands for manipulation of NGS data
  • Combining commands by piping

Day 2 – Preprocessing NGS data:

  • The AWK language – text processing
  • Current sequencing technologies – basecalling specifications
  • Quality control of raw sequence data (FastQC, MultiQC)
  • Editing raw sequences
  • Introduction to alignment (Local vs Global)

Day 3 – Read mapping / Alignment:

  • Read mapping
  • microRNA alignment techniques
  • Mapping onto the host reference genome (BWA, Bowtie2)
  • Manipulation with mapping outputs (samtools, bamtools, bedtools)
  • Mapping statistics
  • Mapping validation

Day 4 – De novo Assembly:

  • Visualization of mapped reads (IGV, Tablet)
  • De-novo assembly using various algorithms (OLC vs DBG)
  • Transcriptome and RNA assembly
  • Genome and transcriptome structure
  • Evaluating assembly
  • Assembly visualization

Day 5 – Virus detection:

  • Manipulation with contig sequences
  • Basic Local Alignment Search Tool (Blastn, Blastx)
  • Virus detection using virus database
  • Small RNA size profiling
  • Summary

 


 

Přednášející

Tým přednášejících je složen z profesionálů, kteří se zaměřují nejen na analýzu dat, ale i na laboratorní zpracování vzorků v NGS laboratoři a další související úkony a jsou tudíž schopni poskytnout komplexní vhled do celé problematiky v souvislostech.

  • Pavlína Kočová, Bioinformatik, SEQme
  • Štěpán Stočes, Bioinformatik, SEQme
  • Petr Vácha, NGS Aplikační specialista, SEQme

 

Organizace workshopu

  • Jazyk: Angličtina
  • Registrační poplatek zahrnuje: Materiály k workshopu, obědy/občerstvení
  • Ubytování a cestovní výdaje si účastníci zajišťují a hradí sami. Upozorňujeme, že v rámci workshopu nejsou prováděny žádné laboratorní experimenty.

 

Zdroje

Základní znalost BASH a terminálu není požadovaná, ale je výhodou. Doporučujeme projít některý z volně dostupných návodů, např. na tomto odkazu.


Detekce virů metodou de-novo assembly - workshop

Datum: 18. - 22.11.2019
Čas: 08:30 - 17:00
Místo: Brno, Česká republika
Adresa: JIC INBIT, Kamenice 34, Brno
Cena: 1 250 € bez DPH
Jazyk: Angličtina
Volná místa: 0
Chci se přihlásit

Fotografie z našich kurzů...


© SEQme s.r.o., 2012 - 2020. Všechna práva vyhrazena. Právní upozornění.
webdesign Beneš & Michl