Workshop: Sekvenační technologie Oxford Nanopore - de novo assembly dlouhých readů

6. - 7.11.2019 08:30 - 17:00 Prague, Česká republika 500 € bez DPH Angličtina Volná místa: 0

Technologie Oxford Nanopore představuje poměrně nový přístup k sekvenování DNA. Její hlavní výhodou jsou dlouhé sekvenační ready získané bez amplifikace. Jedná se o levné a rychlé řešení pro různé aplikace, včetně celogenomového sekvenování de novo dokonce i komplexních genomů. Na druhou stranu se v mnoha aspektech liší od na trhu dominantní technologie Illumina a vyžaduje nejen specializované vybavení a reagencie, ale také specifické softwarové nástroje a algoritmy včetně basecallerů, assemblerů a nástrojů pro korekci assembly.

Sekvenátory Oxford Nanopore jsou levné a malé přístroje, což usnadňuje jejich pořízení nejen do laboratoří poskytovatelů sekvenačních služeb, jako je naše společnost nebo akademické core facility, ale i do mnoha výzkumných laboratořích přímo. Výzkumníci se mohou snadno naučit tyto přístroje používat a s jejich pomocí generovat sekvenační data, ale současně mohou narazit na problémy při analýze těchto dat, neboť používané nástroje a algoritmy jsou pro tuto sekvenační platformu specifické.

Náš dvoudenní workshop se zaměřuje na vědce, kteří se chtějí dozvědět více o práci s daty získanými pomocí Oxford Nanopore se zvláštním zaměřením na de novo assembly. V první den budete stručně seznámeni s operačním systémem Linux a technologií Oxford Nanopore a druhý den budete provádět vlastní de novo assembly za použití poskytnutých datových souborů.

Budete seznámeni s různými nástroji a algoritmy Oxford Nanopore, assemblery Miniasm a Canu, nástrojem na opravy Racon atd. Praktické části vždy předchází podrobné teoretické vysvětlení problematiky. Všichni účastníci workshopu provedou všechny úkoly analýzy dat sami!

 

Komu je workshop určen?

Workshop je určen pro molekulární biology nebo bioinformatiky, začátečníky i pokročilé uživatele se zájmem o analýzu výsledků získaných sekvenační technologií Oxford Nanopore. Nevyžaduje se žádná předchozí zkušenost s analýzou sekvenačních dat ani programovací dovednosti. 

 

Co dostanete?

  • Druhý den workshopu dostanete bootovatelný USB disk, na němž budou uloženy všechny použité nástroje a všechna Vámi analyzovaná data
  • Odnesete si svou práci s sebou a můžete na ni kdykoliv navázat po návratu do své laboratoře!

 

V průběhu workshopu…

  • Školitelé vždy vysvětlí daná témata pomocí prezentací, ale hlavní důraz je kladen na následné praktické demonstrace, aby se všichni účastníci aktivně učili používat vysvětlované postupy a nástroje
  • Používáme výkonné počítače, které jsou všem účastníkům poskytnuty (používání vlastních počítačů není možné)

 


 

Program workshopu

Day 1: Linux as a tool for scientists - Go beyond the graphical interface

  • Introduction to the NGS data analysis
  • Linux system as a tool for data analysis
  • Basic linux commands for beginners
  • Introduction to Oxford Nanopore technology

Day 2: De novo assembly of long reads - A different approach

  • Assembly of MinION reads
  • Pre-assembly correction tools
  • Post-assembly correction tools
  • Evaluating assembly
  • Assembly visualization

 


 

Přednášející

Tým přednášejících je složen z profesionálů, kteří se zaměřují nejen na analýzu dat, ale i na laboratorní zpracování vzorků v NGS laboratoři a další související úkony a jsou tudíž schopni poskytnout komplexní vhled do celé problematiky v souvislostech.

  • Pavlína Kočová, Bioinformatik, SEQme
  • Jan Pačes, Bioinformatik, Ústav molekulární genetiky AVČR
  • Štěpán Stočes, Bioinformatik, SEQme
  • Petr Vácha, NGS Aplikační specialista, SEQme
             

 

Organizace workshopu

  • Jazyk: Angličtina
  • Registrační poplatek zahrnuje: Materiály k workshopu, obědy/občerstvení
  • Jak se dostat na místo konání?
  • Ubytování a cestovní výdaje si účastníci zajišťují a hradí sami. Upozorňujeme, že v rámci workshopu nejsou prováděny žádné laboratorní experimenty.

 

Ke stažení

 

Zdroje

Základní znalost BASH, terminálu a R není požadovaná, ale je výhodou. Doporučujeme projít některý z volně dostupných návodů, např. na tomto odkazu.


Workshop: Sekvenační technologie Oxford Nanopore - de novo assembly dlouhých readů

Datum: 6. - 7.11.2019
Čas: 08:30 - 17:00
Místo: Prague, Česká republika
Adresa: Conference Centre, Institute of Molecular Genetics, Videnska 1083, 14220 Prague
Cena: 500 € bez DPH
Jazyk: Angličtina
Volná místa: 0
Chci se přihlásit

Fotografie z našich kurzů...


© SEQme s.r.o., 2012 - 2020. Všechna práva vyhrazena. Právní upozornění.
webdesign Beneš & Michl