RNASeq – Bioinformatický workshop

RNA-Seq je jedna z mnoha aplikací tzv. Next-Generation sekvenování. V zásadě se jedná o sekvenování RNA molekul. RNA-Seq umožňuje zkoumat transkriptom, celkovou buněčnou RNA včetně mRNA, rRNA a tRNA. Porozumění transkriptomu je klíčové, pokud máme správně propojit informace o našem genomu s jeho funkčním vyjádřením ve formě exprese proteinů. RNA-Seq nám může např. říci, které geny jsou v buňce zapnuty, jaká je hladina jejich exprese a v jaké době jsou aktivovány nebo vypnuty, to vše například v souvislosti s určitým onemocněním, v odpovědi na léčbu, za různých experimentálních či environmentálních podmínek apod.

RNA-Seq je velmi populární aplikací NGS, která je nevyhnutelně spojena s velkými objemy dat a komplexními postupy jejich zpracování, analýzy a interpretace. Je relativně snadné data tohoto typu získat, ale bez znalosti sofistikovaných procedur, jak s nimi nakládat, je správná interpretace výsledků velmi obtížná. Situaci komplikuje i rychlý vývoj bioinformatických nástrojů a skutečnost, že neexistuje všeobecně akceptovaný konsensus stran jakéhosi univerzálně nejlepšího postupu zpracování dat.

Pokud provádíte RNA-Seq experiment, je důležité, abyste porozuměli tomu, jak přistupovat k vašemu datovému souboru, jak zohlednit jeho specifika a jak vysledovat jeho slabiny, které mohou omezovat schopnost vyvodit správné závěry.

Cílem našeho workshopu je, abyste si sami osvojili bioinformatické postupy zpracování RNA-Seq dat.

 

Komu je akce určena?

  • Akce je určena pro pokročilé zájemce, biology nebo bioinformatiky se zájmem o analýzu dat v dané oblasti.
  • Nutným předpokladem je znalost BASH a terminálu. Pokud nemáte s analýzou sekvenačních dat žádné zkušenosti, doporučujeme, abyste nejprve absolvovali obecněji zaměřený bioinformatický workshop Úvod do analýzy výsledků Next-Generation sekvenování, kde získáte potřebné základy.
  • V případě pochybností nás neváhejte kontaktovat.

 

Co se naučíte?

  • Dozvíte se, jak zvolit a použít nejvhodnější postup pro RNA-Seq analýzu a jak zhodnotit její výstupy
  • Budete seznámeni a použijete celou řadu nástrojů, např. HiSAT2, Salmon, MultiQC, R, DESeq2, FDR, goseq, GO, KEGG...
  • Budete mít možnost komunikovat se zkušeným týmem přednášejících a ostatními účastníky

 


 

Program:

  • Mapping to genome and gene expression estimation
  • Mapping to transcriptome and transcript abundance estimation
  • Count data standardization and quality control
  • Exploratory data analysis, dimensionality reduction, clustering
  • Analysis of differential expression
  • Multiple comparisons problem
  • Biological interpretation using Gene Set Enrichment Analysis
  • Data visualization

 


 

Přednášející:

  • Tým přednášejících je složen z profesionálů, zaměstnanců firmy SEQme a případně pozvaných hostů – odborníků na dané téma, kteří se dlouhodobě věnují různým technologiím Next-Generation sekvenování. Zaměřují se nejen na analýzu dat, ale i na laboratorní zpracování vzorků v NGS laboratoři, návrh NGS projektů a další související úkony a jsou tudíž schopni poskytnout komplexní vhled do celé problematiky v souvislostech.
  • Firma SEQme není oficiálním distributorem žádné NGS technologické firmy (Illumina, IonTorrent, PacBio, OxfordNanopore atd.). Jsme uživatelé, tak jako vy. V našich sekvenačních laboratořích využíváme vždy ty nejvhodnější technologie různých výrobců, vždy s cílem maximálního efektu pro vaše sekvenační projekty. Takto získané znalosti následně sdílíme s účastníky našich kurzů a workshopů.

 

Jak akce probíhá?

  • Školitelé vždy vysvětlí daná témata pomocí prezentací, ale hlavní důraz je kladen na následné praktické demonstrace, aby se všichni účastníci aktivně učili používat vysvětlované postupy a nástroje
  • Všichni účastníci sami provádí důležité kroky analýzy NGS dat, každý má přidělen vlastní počítač!
  • Používáme výkonné počítače, které jsou všem účastníkům akce poskytnuty. Používání vlastních počítačů a/nebo datových souborů není možné.
  • Pokud se jedná o on-line workshop, budete potřebovat vlastní počítač a internet – vzdáleně se připojíte na naše výkonné analytické počítače. Tzn. na váš počítač nejsou kladeny žádné speciální nároky, určitě ale musíte mít administrátorská práva pro instalaci jednoho nebo dvou nezbytných programů, umožňujících připojení k nám. Jednoduché instrukce, jak se připojit na naše pracovní stanice, budou poskytnuty přihlášeným účastníkům v dostatečném předstihu před akcí. Doporučujeme, abyste měli sluchátka pro komunikaci s našimi lektory a zvažte možnost mít dva monitory – někdy je zapotřebí mít otevřeno více pracovních oken najednou, takže dva monitory jsou komfortnější.

 

Organizační informace:

  • Jazyk: Angličtina
  • Registrační poplatek zahrnuje tištěné prezentace ke kurzu/workshopu (pro on-line akce jsou prezentace poskytovány výhradně v elektronické formě). V případě, že se akce koná fyzicky, zahrnuje cena i obědy a občerstvení.
  • Případné ubytování a cestovní výdaje si účastníci zajišťují a hradí sami.
  • Upozorňujeme, že během akce nejsou prováděny žádné laboratorní experimenty.

 

Speciální nabídka:

Všechny naše kurzy a workshopy lze uspořádat rovněž na vašem pracovišti, pro vaši pracovní skupinu. Tedy jako akci na míru. Některé z našich akcí dokonce takto – na požadavek klienta – vznikly. Výhodou tohoto formátu je samozřejmě možnost připravit akci na klíč pro váš tým, reflektovat vaše specifické požadavky a potřeby, včetně možnosti pracovat s vašimi daty. V případě zájmu nás neváhejte kontaktovat.


Žádné termíny pro tento kurz nejsou vypsány.


Fotografie z našich kurzů...


© SEQme s.r.o., 2012 - 2020. Všechna práva vyhrazena. Právní upozornění.
webdesign Beneš & Michl