Assembly transkriptomu – Bioinformatický workshop

Sestavení (assembly) transkriptomu na základě dat z vysokopacitního (tzv. Next-Generation) sekvenování mRNA (RNAseq) je výkonným nástrojem pro detekci změn v genové expresi. Umožňuje srovnání podmínek, tkání nebo kmenů / druhů. Schopnost přesně provádět takové srovnávací analýzy je však zásadně závislá na kvalitě assembly. Zejména pro detekci sekvenčních variant, ale také pro detekci izoforem a kvantifikaci transkriptů může nesprávné assembly genů výsledky významně zkreslit. Tyto problémy jsou zvlášť výrazné u nemodelových organismů při absenci vhodného referenčního genomu, kdy se RNA-Seq používá k rekonstrukci a kvantifikaci celých transkriptů.

Na první pohled se proces sestavování transkriptomu zdá být podobný sestavení genomu, ale ve skutečnosti existují zásadní rozdíly a různé výzvy. Patří mezi ně různá hladina exprese genů, kdy chyby analytických nástrojů mohou např. vést k dezinterpretaci této nízké hladiny genové exprese jako sekvenační chyby, přítomnost izoforem jako důsledku alternativního sestřihu, repetice apod. Problém assembly je komplikován i tím, že se transkriptom liší mezi různými typy buněk, podmínkami prostředí a časovými body. Úspěšně provést assembly transktiptomu znamená všechny tyto aspekty vzít v úvahu.

Náš workshop je zaměřen na bioinformatické zpracování RNA-Seq dat a sestavení transkriptomu. Provedeme vás kontrolou kvality dat, filtrováním, efektivní a přesnou korekcí sekvenačních chyb, sestavením transkriptomu a jeho zhodnocením.

 

Komu je akce určena?

  • Akce je určena pro pokročilé zájemce, biology nebo bioinformatiky se zájmem o analýzu dat v dané oblasti.
  • Nutným předpokladem je znalost BASH a terminálu. Pokud nemáte s analýzou sekvenačních dat žádné zkušenosti, doporučujeme, abyste nejprve absolvovali obecněji zaměřený bioinformatický workshop Úvod do analýzy výsledků Next-Generation sekvenování, kde získáte potřebné základy.
  • V případě pochybností nás neváhejte kontaktovat.

 

Co se naučíte?

  • Jak vybrat a použít nejvhodnější postup pro úpravu RNA-seq dat a jejich assembly
  • Jak data zpracovávat počínaje hrubými daty (ready) až po jejich assembly do cílového transkriptomu
  • Jak vyhodnotit výsledky
  • Získáte vlastní zkušenosti s celou řadou bioinformatických nástrojů zaměřených na analýzu NGS dat
  • Budete mít možnost komunikovat se zkušeným týmem přednášejících a ostatními účastníky

 


 

Program:

  • Quality control of sequencing reads
  • Read repair
  • Trimmming of adapter and low quality bases from fastq files
  • Removal of remaining over-represented and unwanted sequences (rRNA reads)
  • Transcriptome assembly
  • Assessing assembly quality
    • Basic alignment summary metrics
    • How to quantify read support for the assembly
    • How to quantify completeness (BUSCO)

 


 

Přednášející:

  • Tým přednášejících je složen z profesionálů, zaměstnanců firmy SEQme a případně pozvaných hostů – odborníků na dané téma, kteří se dlouhodobě věnují různým technologiím Next-Generation sekvenování. Zaměřují se nejen na analýzu dat, ale i na laboratorní zpracování vzorků v NGS laboratoři, návrh NGS projektů a další související úkony a jsou tudíž schopni poskytnout komplexní vhled do celé problematiky v souvislostech.
  • Firma SEQme není oficiálním distributorem žádné NGS technologické firmy (Illumina, IonTorrent, PacBio, OxfordNanopore atd.). Jsme uživatelé, tak jako vy. V našich sekvenačních laboratořích využíváme vždy ty nejvhodnější technologie různých výrobců, vždy s cílem maximálního efektu pro vaše sekvenační projekty. Takto získané znalosti následně sdílíme s účastníky našich kurzů a workshopů.

 

Jak akce probíhá?

  • Školitelé vždy vysvětlí daná témata pomocí prezentací, ale hlavní důraz je kladen na následné praktické demonstrace, aby se všichni účastníci aktivně učili používat vysvětlované postupy a nástroje
  • Všichni účastníci sami provádí důležité kroky analýzy NGS dat, každý má přidělen vlastní počítač!
  • Používáme výkonné počítače, které jsou všem účastníkům akce poskytnuty. Používání vlastních počítačů a/nebo datových souborů není možné.
  • Pokud se jedná o on-line workshop, budete potřebovat vlastní počítač a internet – vzdáleně se připojíte na naše výkonné analytické počítače. Tzn. na váš počítač nejsou kladeny žádné speciální nároky, určitě ale musíte mít administrátorská práva pro instalaci jednoho nebo dvou nezbytných programů, umožňujících připojení k nám. Jednoduché instrukce, jak se připojit na naše pracovní stanice, budou poskytnuty přihlášeným účastníkům v dostatečném předstihu před akcí. Doporučujeme, abyste měli sluchátka pro komunikaci s našimi lektory a zvažte možnost mít dva monitory – někdy je zapotřebí mít otevřeno více pracovních oken najednou, takže dva monitory jsou komfortnější.

 

Organizační informace:

  • Jazyk: Angličtina
  • Registrační poplatek zahrnuje tištěné prezentace ke kurzu/workshopu (pro on-line akce jsou prezentace poskytovány výhradně v elektronické formě). V případě, že se akce koná fyzicky, zahrnuje cena i obědy a občerstvení.
  • Případné ubytování a cestovní výdaje si účastníci zajišťují a hradí sami.
  • Upozorňujeme, že během akce nejsou prováděny žádné laboratorní experimenty.

 

Speciální nabídka:

Všechny naše kurzy a workshopy lze uspořádat rovněž na vašem pracovišti, pro vaši pracovní skupinu. Tedy jako akci na míru. Některé z našich akcí dokonce takto – na požadavek klienta – vznikly. Výhodou tohoto formátu je samozřejmě možnost připravit akci na klíč pro váš tým, reflektovat vaše specifické požadavky a potřeby, včetně možnosti pracovat s vašimi daty. V případě zájmu nás neváhejte kontaktovat.



Fotografie z našich kurzů...


© SEQme s.r.o., 2012 - 2020. Všechna práva vyhrazena. Právní upozornění.
webdesign Beneš & Michl