Detekce virů metodou de-novo assembly – Bioinformatický workshop

Virové infekce jsou považovány za významné ohrožení zemědělské produkce a lidského zdraví. Účinná a přesná detekce virů v rostlinách a zvířatech je nezbytná pro vývoj účinných strategií řízení šíření a dopadu virových chorob.

Běžné metody detekce virů, jako např. ELISA, PCR, hybridizace apod. vyžadují předchozí znalosti nebo informace o sekvenci potenciálních patogenů, takže nejsou použitelné pro detekci nových virů nebo jejich variant. Tradiční metody detekce neznámých virů včetně elektronové mikroskopie jsou svým rozsahem omezené a umožňují pouze částečnou charakterizaci nových virů.

V poslední době se proto i pro tyto účely začaly intenzivně využívat technologie Next-Generation sekvenování. Jsou vysoce efektivní při detekci všech, tedy i nových virů rostlin a zvířat, která je zcela zásadní pro zemědělskou produkci a lidské zdraví. Pravděpodobně nejpokročilejší způsob této detekce je založen na použití shotgunového sekvenování, následného assembly a identifikace virů.

Na tento analytický postup je zaměřen náš workshop. Po úspěšném dokončení workshopu budete schopni provádět detekci virů pomocí de novo assembly sekvencí získaných metodami Next-Generation sekvenování (postup bude demonstrován pomocí malého datového souboru tak, aby byl časově proveditelný).

 

Komu je akce určena?

  • Akce je určena pro pokročilé zájemce, biology nebo bioinformatiky se zájmem o analýzu dat v dané oblasti.
  • Nutným předpokladem je znalost BASH a terminálu. Pokud nemáte s analýzou sekvenačních dat žádné zkušenosti, doporučujeme, abyste nejprve absolvovali obecněji zaměřený bioinformatický workshop Úvod do analýzy výsledků Next-Generation sekvenování, kde získáte potřebné základy.
  • V případě pochybností nás neváhejte kontaktovat.

 

Co se naučíte?

  • Jak detekovat přítomnost virů pomocí de-novo assembly
  • Získáte vlastní zkušenosti s celou řadou bioinformatických nástrojů zaměřených na analýzu NGS dat
  • Budete mít možnost komunikovat se zkušeným týmem přednášejících a ostatními účastníky

 


 

Program:

  • De-novo assembly using various algorithms (OLC vs DBG)
  • Genome and transcriptome structure
  • Evaluating assembly
  • Assembly visualization
  • Manipulation with contig sequences
  • Basic Local Alignment Search Tool (Blastn, Blastx)
  • Virus detection using virus database

 


 

Přednášející:

  • Tým přednášejících je složen z profesionálů, zaměstnanců firmy SEQme a případně pozvaných hostů – odborníků na dané téma, kteří se dlouhodobě věnují různým technologiím Next-Generation sekvenování. Zaměřují se nejen na analýzu dat, ale i na laboratorní zpracování vzorků v NGS laboratoři, návrh NGS projektů a další související úkony a jsou tudíž schopni poskytnout komplexní vhled do celé problematiky v souvislostech.
  • Firma SEQme není oficiálním distributorem žádné NGS technologické firmy (Illumina, IonTorrent, PacBio, OxfordNanopore atd.). Jsme uživatelé, tak jako vy. V našich sekvenačních laboratořích využíváme vždy ty nejvhodnější technologie různých výrobců, vždy s cílem maximálního efektu pro vaše sekvenační projekty. Takto získané znalosti následně sdílíme s účastníky našich kurzů a workshopů.

 

Jak akce probíhá?

  • Školitelé vždy vysvětlí daná témata pomocí prezentací, ale hlavní důraz je kladen na následné praktické demonstrace, aby se všichni účastníci aktivně učili používat vysvětlované postupy a nástroje
  • Všichni účastníci sami provádí důležité kroky analýzy NGS dat, každý má přidělen vlastní počítač!
  • Používáme výkonné počítače, které jsou všem účastníkům akce poskytnuty. Používání vlastních počítačů a/nebo datových souborů není možné.
  • Pokud se jedná o on-line workshop, budete potřebovat vlastní počítač a internet – vzdáleně se připojíte na naše výkonné analytické počítače. Tzn. na váš počítač nejsou kladeny žádné speciální nároky, určitě ale musíte mít administrátorská práva pro instalaci jednoho nebo dvou nezbytných programů, umožňujících připojení k nám. Jednoduché instrukce, jak se připojit na naše pracovní stanice, budou poskytnuty přihlášeným účastníkům v dostatečném předstihu před akcí. Doporučujeme, abyste měli sluchátka pro komunikaci s našimi lektory a zvažte možnost mít dva monitory – někdy je zapotřebí mít otevřeno více pracovních oken najednou, takže dva monitory jsou komfortnější.

 

Organizační informace:

  • Jazyk: Angličtina
  • Registrační poplatek zahrnuje tištěné prezentace ke kurzu/workshopu (pro on-line akce jsou prezentace poskytovány výhradně v elektronické formě). V případě, že se akce koná fyzicky, zahrnuje cena i obědy a občerstvení.
  • Případné ubytování a cestovní výdaje si účastníci zajišťují a hradí sami.
  • Upozorňujeme, že během akce nejsou prováděny žádné laboratorní experimenty.

 

Speciální nabídka:

Všechny naše kurzy a workshopy lze uspořádat rovněž na vašem pracovišti, pro vaši pracovní skupinu. Tedy jako akci na míru. Některé z našich akcí dokonce takto – na požadavek klienta – vznikly. Výhodou tohoto formátu je samozřejmě možnost připravit akci na klíč pro váš tým, reflektovat vaše specifické požadavky a potřeby, včetně možnosti pracovat s vašimi daty. V případě zájmu nás neváhejte kontaktovat.



Fotografie z našich kurzů...


© SEQme s.r.o., 2012 - 2020. Všechna práva vyhrazena. Právní upozornění.
webdesign Beneš & Michl