© SEQme s.r.o., 2012 - 2024. Všechna práva vyhrazena.
Právní upozornění.
webdesign Beneš & Michl
Klienti naší sekvenační laboratoře často požadují přípravu sekvenačních knihoven pomocí rRNA deplece (ribodeplece), tedy včetně odstranění rRNA. Jelikož se někdy setkáváme s tím, že výsledky odstranění rRNA jsou neuspokojivé, prováděli jsme v naší laboratoři níže popsané testy.
Ačkoli v současné době technologie Next-Generation sekvenování (NGS) generují dostatečné množství dostatečně kvalitních dat potřebných pro de novo assembly genomů organismů, u kterých zatím není známá referenční sekvence, samotný proces sestavení genomu je pro bioinformatiky stále velkou výzvou. V tomto článku se pokusíme nastínit problematiku assembly a ukázat možná řešení.
Sekvenační technologie Illumina bývá běžně označována jako short-read technologie. V praxi to znamená, že typicky produkuje ready o délce řádově stovek bází. Aktuálním technologickým maximem co se délky čtení týká je souprava pro přístroj MiSeq, která umožňuje čtení až 600 b (nastavení 2x300). V tomto článku jsme se podívali blíže na některé problémy spojené s tímto typem sekvenace.
V minulém článku jsme popsali některé vlastnosti a z toho plynoucí limitace sekvenátoru Sequel (Pacific Biosciences). Pokud hledáte alternativu této technologii dlouhých readů, možná zvažujete technologii firmy Oxford Nanopore.
Technologie SMRT sekvenování společnosti Pacific Biosciences umožňuje sekvenaci jak fragmentů s délkou v řádu desítek kilobází, tak fragmentů dlouhých pouze několik stovek bází.
Sekvenační technologie Illumina na trhu aktuálně dominuje. Poskytuje celou řadu výhod ve srovnání s ostatními technologiemi, ale to bohužel neznamená, že je zcela bez nedostatků.
Náš neustálý zájem nalézt nejvhodnější technologická řešení pro Vaše experimenty nás dovedl k zavedení technologie GemCode do naší nabídky služeb v oblasti Next-Generation sekvenování. Tímto příspěvkem hrdě oznamujeme dostupnost této technologie v naší laboratoři a zároveň představujeme její základní vlastnosti.
Kdybych dostal zaplaceno pokaždé, když odpovídáme na otázku “Jak mám měřit koncentraci DNA nebo RNA na přípravu NGS knihovny?”, tak bych nepsal tento příspěvek. Byl bych někde na jachtě okolo řeckých ostrovů. Ale jelikož na žádné jachtě nejsem, říkal jsem si, že bych mohl dát dohromady několik dobrých důvodů, proč není používání Nanodropu pro tyto účely zrovna ten nejlepší nápad.
Technologie next-generation sekvenování produkují v porovnání se Sangerovou technologií obrovská množství dat. Jejich objem pochopitelně závisí na designu experimentu, primárně však na výstupní kapacitě přístroje. V principu je však vždy potřeba vypořádat se s převedením velkého množství dat do takové podoby, kdy je možné s nimi smysluplně pracovat, aby byla možná hlubší analýza získaných sekvencí, která je cílem celého experimentu.