© SEQme s.r.o., 2012 - 2023. Všechna práva vyhrazena.
Právní upozornění.
webdesign Beneš & Michl
| Amplikonové sekvenování | Vysokokapacitní sekvenace úseků DNA získaných pomocí klasické PCR. |
|---|---|
| Analýza dat | Zpracování hrubých dat až do výstupů/výsledků různé úrovně - formálně se dělí na primární, sekundární a terciární. |
| Assembly | Skládání sekvencí fragmentů do struktur vyšších řádů na základě jejich překryvu a případně i referenční sekvence. |
| BAM soubor | Binární verze SAM souboru, typický výstup sekundární fáze analýzy dat. |
| Běh (Run) | Jeden pracovní cyklus sekvenátoru od zapnutí po získání hrubých dat. |
| Bridge amplification | Amplifikace fragmentů zachycených na čipu způsobem, kdy je amplifikovaná molekula přichycena adapterem k čipu oběma svými konci. |
| Čárový kód (Barcode, Index) | Krátká unikátní sekvence pomocí níž jsme schopni identifikovat různé vzorky spojené do jedné knihovny. |
| Čip | Přístrojově specifická matrice, na které probíhá vlastní sekvenace a detekce inkorporace nukleotidů. Čipy různých výrobců se velmi liší provedením a kapacitou. |
| CNV | Copy-Number Variations, strukturní změna DNA, inzerce nebo delece delšího úseku DNA. |
| Contig | První úroveň spojováni sekvencí fragmentů do vyšších struktur (Fragment -> Contig). |
| De-Novo sekvenování | Sekvenace genetického materiálu u něhož nemáme k dispozici referenční sekvenci. |
| Délka čtení (Read lenght) | Počet přečtených bazí na fragment respektive maximální délka fragmentu, který lze naráz osekvenovat (udávaná v bázích). |
| Emulzní PCR | Amplifikace fragmentů na mikro-kuličce v kapénce olejové emulze - má-li templát vhodnou koncentraci, je výsledkem monoklonální PCR produkt. |
| Exom | Část genomu tvořená exony. |
| FASTQ | Soubor sekvencí jednotlivých readů s odpovídajícími ukazateli kvality pro každou bázi. Typický výsledek primární analýzy. |
| Flow cell | Typ čipu používaný v přístrojích Illumina. |
| Fragment | Krátký úsek nukleové kyseliny, vzniklý fragmentací delších úseků, který je sekvenován. Požadovaná velikost fragmentu je specifická vzhledem k typu experimentu a možnostem sekvenátoru. |
| Fragmentace | Štěpení genetického materiálu na fragmenty požadované velikosti: mechanicky (nebulizace, sonikace), či enzymaticky |
| Hloubka čtení (Read Depth) | DNA = počet přečtení 1 báze; RNA = celkový počet readů na vzorek |
| InDel | Inzerce/Delece = sekvenční odlišnosti, které mohou způsobovat posun čtecího rámce. |
| Knihovna (Library) | Soubor fragmentů nukleových kyselin, který prošel všemi kroky zpracování a je připraven na samotné sekvenování. |
| Lane | Dráha v čipu typu Flow cell (Illumina). |
| Long-reads | Strategie sekvenace vzorků připravených metodou Mate-Pair-End. |
| Mate Pair-End-Read | Strategie přípravy vzorku, kdy je delší fragment (řádově tisíce bazí) cirkularizován pomocí značených adapterů, molekula je následně fragmentována, ale sekvenovány jsou pouze fragmenty obsahující značené adaptéry. |
| Multiplex | Směs vzorků - knihovna obsahující různé vzorky značené čárovými kódy. |
| Next-Generation sekvenování (NGS) | Běžně užívaný matoucí výraz pro technologii masivně paralelního sekvenování. |
| Obohacení vzorku (enrichment) | Příprava vzorku tak, aby v něm bylo maximální množství genetického materiálu, který je předmětem zájmu. |
| Paired-End-Read | Způsob čtení fragmentu, kdy je fragment během sekvenace čten nejprve z jedné a pak i z druhé strany. |
| Pokrytí (Coverage) | Hodnota vyjadřující pokrytí analyzované sekvence vzhledem k její délce, obvykle je udávána v procentech, někdy je tento výraz též používán pro hloubku čtení. |
| Přesnost čtení (Read accuraccy) | Udává výskyt chyb (v %) po primární analýze. |
| Primární analýza | Převedení hrubých dat na sekvence (ACGT), zhodnocení kvality čtení jednotlivých bází, obsazení čipu a celkové úspěšnosti sekvenace. |
| Read | Datový výstup z analýzy jednoho fragmentu (sekvence). |
| Resekvenování | Sekvenace genetického materiálu, k němuž máme k dispozici referenční sekvenci. |
| SAM soubor | Soubor obsahující alignment fragmentů společně s ukazateli kvality a eventuálně dalšími informacemi. |
| Scaffold | Druhá úroveň spojování sekvencí fragmentů do vyšších struktur (Fragment -> Contig -> Scaffold). |
| Sekundární analýza | Filtrace readů na základě kvality, alignment a assembly readů, stanovení ukazatelů kvality alignmentů a assembly, administrace sekvenčních variant. |
| Short-Reads | Strategie sekvenování vzorků připravených metodami Single-End a Pair-End. |
| Shot-Gun | Strategie přípravy vzorku, kdy fragmentujeme celé molekuly DNA či RNA. |
| Single-Read | Způsob čtení fragmentu, kdy je fragment během sekvenace čten pouze z jedné strany. |
| SMRT cell | Typ čipu používaný v přístrojích Pacific Biosciences (technologie Single Molecule Real Time). |
| SNP | Single-Nucleotide Polymorphism = sekvenční odlišnost v rozsahu jedné báze. |
| SNP calling | Proces detekce SNP v získaných sekvencích. |
| Terciární analýza | Kontextová analýza výsledků sekvenace, srovnávání výsledků různých vzorků apod. |
| Transkriptom | Veškerá RNA nacházející se v buňce. |
| Variant calling | Proces detekce sekvenčních variant v získaných sekvencích. |
| VCF soubor | Soubor obsahující informace o zjištěných sekvenčních variantách, typický výstup sekundární fáze analýzy dat. |
| Výstupní kapacita | Počet přečtených bazí při sekvenaci, obvykle udávána v tisících až biliónech bazí (kb, Mb, Gb, Tb), může být vztažena na experiment, čip, přístroj apod. |
NGS Lab, ngs@seqme.eu