Celoexomové sekvenování

Celoexomové sekvenování

Rychlá a levná analýza exomu na bázi nejmodernějšího designu sond a osvědčené technologie SureSelect

Celoexomové sekvenování (whole-exome sequencing, WES) je nejúčinnějším způsobem studia kódujících oblastí genomu. Například lidský exom sestává z asi 20.000 protein-kódujících genů, které tvoří pouze asi 1,5% genomu, ale až 85% mutací způsobujících onemocnění může být umístěno právě zde, v exomu. Celoexomové sekvenování umožňuje identifikovat běžné varianty (SNV), varianty počtu kopií (CNV), malé inzerce nebo delece (InDel) i vzácné de novo mutace.

V naší sekvenační laboratoři používáme technologii hybridizace sond vyvinutou společností Agilent Technologies, Inc., která se ukázala jako velmi efektivní a spolehlivá.

Můžeme vám nabídnout celoexomové sekvenování nejen lidské DNA, ale i pro jiné modelové organismy - v případě zájmu nás kontaktujte.

 

Exomové sekvenování - přehled

 

Technologie

Systém obohacení SureSelect XT HS (Agilent Technologies) využívá RNA sondy k hybridizaci na cílové oblasti DNA. Hlavní výhody této technologie jsou:

  • Hybridizace RNA:DNA je účinnější než hybridizace DNA:DNA využívaná jinými systémy dostupnými na trhu
  • Molekulární čárové kódy (MBC) používané v XT HS lze použít k dosažení přesnějších výsledků během analýzy dat
  • Sekvenační knihovny mohou být generovány i pro DNA získanou z FFPE vzorků 
  • Technologie SureSelect není omezena na sekvenování exomu, ale lze ji využít v podstatě pro jakýkoli cílený panel podle vašeho výběru
  • Systém má vynikající uniformitu. K exonům, které nelze snadno zachytit, lze přistupovat díky přesnému cílení.
  • Pokrytí napříč referenční sekvencí: 99,6% (známé geny CCDS a UCSC)

 

 


Laboratorní zpracování

Vy provedete izolaci DNA. V naší laboratoři budou vaše vzorky zpracovány následovně:

  • Kontrola kvality vzorku
  • Příprava sekvenační knihovny
  • Nabohacení cílových oblastí pomocí hybridizačních sond
  • Kvantifikace knihoven pomocí qPCR
  • Sekvenování na systému Illumina NovaSeq6000 v nastavení paired-end, 150 b, s výstupem 6 nebo 12 Gb dat na vzorek 
  • Zhodnocení kvality dat a případně detailní analýza

Výsledky a záruka

Získané sekvence budou roztříděny podle kombinace indexů do souborů představujících jednotlivé vzorky a bude provedena analýza indikátorů kvality sekvenování, jako je počet a délka sekvencí, skóre phred, % GC, úroveň duplikace atd..

Jako výstup obdržíte data ve formátu FASTQ rozdělená do souborů podle jednotlivých vzorků. Na žádost mohou být výstupy zpracovány v jiné formě. Při objednávce to prosím upřesněte.

Můžeme také provést analýzu dat včetně QC dat, mapování na referenční sekvence, vyvolání variant, filtrování variant a anotaci. Obdržíte komplexní zprávu o analýze dat.


Doba zpracování

Méně než 4 týdny (nezahrnuje analýzu dat)


Požadavky na vzorky

Dodržujte naše Pokyny pro přípravu vzorků.


Jak službu objednat

Sekvenování exomů lze objednat online.

 

 OBJEDNAT 

© SEQme s.r.o., 2012 - 2020. Všechna práva vyhrazena. Právní upozornění.
webdesign Beneš & Michl