Long-read sekvenační technologie

Long-read sekvenováním lze určit nukleotidovou sekvenci dlouhých úseků DNA zhruba o velikosti mezi desítkami a stovkami tisíc párů bází. Tím je eliminována potřeba v rámci zpracování vzorku štěpit a amplifikovat DNA (což je standardní postup pro sekvenování s krátkým čtením Illumina).

Existuje několik komerčně dostupných technologií pro long-read sekvenování, které se neustále vyvíjejí. Aktuálně nabízíme tyto dvě:

Technologie	PacBio	Oxford Nanopore (ONT)
Aplikace	Assembly genomu - Analýza repetic a strukturních variací - Sekvenování celých transkriptů, alternativní sestřih	Assembly genomu - Sekvenování delších amplikonů, např. genu pro 16S rRNA
Projekt	Spíše větší projekty s vyšší cenou.	Spíše menší až střední projekty s nižší celkovou cenou.
Dostupná sekvenační nastavení	Variabilní, viz náš ceník nebo nás kontaktujte
Kapacita	Sequel II: cca 20 Gb HiFi reads Revio: cca 75 Gb HiFi reads	MinION: 1-10 Gb
Záruka	Množství získaných dat není garantováno.
Příprava knihoven	Neumožňujeme přípravu knihoven zákazníkem.
Typ knihoven	Bez omezení
Výstupy	Standardní (běžné formáty dat atd.)

Přiklad projektů využívajících long-read sekvenování:

Assembly genomu

V naší laboratoři jsou technologie long-read sekvenování primárně vyžadovány zákazníky, kteří mají zájem o sestavování nových genomů.

Sestavení genomu je bioinformatický proces, v němž jsou skládány krátké nebo dlouhé (nebo oba) typy readů. Lze jej připodobnit ke skládání puzzle. Fragmenty DNA (dílky) produkované sekvenováním s dlouhým čtením se snáze sestavují do úplné sekvence DNA jednoduše proto, že jsou delší, stejně jako se snáze skládá puzzle s méně velkými dílky.

Díky tomu je sekvenování s dlouhým čtením technologií primární volby pro sestavení genomu. Nicméně vzhledem k celkové nižší kvalitě dat u technologií s dlouhým čtením je výhodné uvažovat o jejich kombinaci s krátkým čtením Illumina. Přečtěte si o sestavení genomu pomocí dat z technologií Oxford Nanopore a Illumina!

Sekvenování celých genů pro 16S rRNA

Při identifikaci některých druhů bakterií, např. v komplexních komunitách, je amplikonové sekvenování technologií Illumina nedostatečné a je potřeba sekvenovat celý 16S rRNA gen. Pro tento přístup je mimořádně vhodná technologie Oxford Nanopore.

Technologicky se jedná o obdobu jakéhokoliv amplikonového sekvenování. Jsou použity speciální primery, kompatibilní s následnou sekvenací a vzoky jsou multiplexovány do jedné sekvenační knihovny. Celý proces pro vás zajistíme na klíč včetně long-range PCR na vámi dodané gDNA.

Knihovny

Pro sekvenování technologiemi PacBio/ONT neumožňujeme přípravu knihoven zákazníkem. Musíte dodat DNA/RNA.

Výsledky, záruka a analýza dat

Po skončení sekvenování dostanete výsledky ve standardním formátu. Jelikož každý sekvenační projekt má specifické požadavky stran analýzy dat, nabízíme analýzu dat dle vaší specifikace - Analýza dat Custom. Naši bioinformatici vám mohou pomoci s jakoukoliv analýzou dat. V případě, že máte o tuto službu zájem, je nutná individuální konzultace, ideálně již při přípravě projektu.

Kurz nebo workshop

Pokud s NGS začínáte nebo si chcete prohloubit své znalosti, doporučujeme vám účast na našem dvoudenním úvodním kurzu NGS. Případně si vyberte nějaký jiný kurz z naší nabídky.

Požadavky na vzorky

Dodržujte naše Pokyny pro přípravu vzorků (technologie PacBio/ONT).
Čtěte prosím i naše speciální pokyny pro PacBio a ONT.

Chcete-li službu objednat, kontaktujte nás pro cenovou kalkulaci.

Long-read sekvenační technologie