Long-read sekvenační technologie

Long-read sekvenační technologie

Sekvenování PacBio a Oxford Nanopore

Long-read sekvenováním lze určit nukleotidovou sekvenci dlouhých úseků DNA zhruba o velikosti mezi desítkami a stovkami tisíc párů bází. Tím je eliminována potřeba v rámci zpracování vzorku štěpit a amplifikovat DNA (což je standardní postup pro sekvenování s krátkým čtením Illumina).

Existuje několik komerčně dostupných technologií pro long-read sekvenování, které se neustále vyvíjejí. Aktuálně nabízíme tyto dvě:

 

Technologie PacBio Oxford Nanopore (ONT)
Aplikace Assembly genomu - Analýza repetic a strukturních variací - Sekvenování delších amplikonů, např. 16S - Sekvenování celých transkriptů, alternativní sestřih Assembly genomu
Projekt Lze kombinovat s krátkými ready Illumina. Spíše větší projekty s vyšší cenou. Velmi doporučujeme kombinovat s krátkými ready Illumina. Spíše menší až střední projekty s nižší celkovou cenou.
Dostupná sekvenační nastavení Variabilní, viz náš ceník nebo nás kontaktujte
Kapacita Sequel II: Vysoce variabilní (v HiFi módu cca 300-350, někdy až 500 Gb)* MinION: Vysoce variabilní (cca 1-10 Gb)
Chybovost Nízká v HiFi módu (<1%), vyšší v CLR módu. Náhodné chyby.
Relativně vysoká. Systematické chyby.
Záruka Množství získaných dat není garantováno.
Příprava knihoven Neumožňujeme přípravu knihoven zákazníkem.
Typ knihoven Bez omezení
Výstupy Standardní (běžné formáty dat atd.)

 

* Technologie PacBio je schopna produkovat až několik set kilobazí dlouhé sekvence a přesnost sekvenace může být i přes 99,5%. Bohužel nelze dosáhnout maximální délky a kvality současně. Uživatel si musí vybrat, zda bude mít jako výstup kvalitní, ale maximálně asi 15 kb dlouhé sekvence, nebo sekvence dlouhé několik desítek až stovek kilobazí, ale s přesností čtení pouze ~90-95%.


Přiklad projektů využívajících long-read sekvenování:

Assembly genomu

V naší laboratoři jsou technologie long-read sekvenování primárně vyžadovány zákazníky, kteří mají zájem o sestavování nových genomů.

Sestavení genomu je bioinformatický proces, v němž jsou skládány krátké nebo dlouhé (nebo oba) typy readů. Lze jej připodobnit ke skládání puzzle. Fragmenty DNA (dílky) produkované sekvenováním s dlouhým čtením se snáze sestavují do úplné sekvence DNA jednoduše proto, že jsou delší, stejně jako se snáze skládá puzzle s méně velkými dílky.

Díky tomu je sekvenování s dlouhým čtením technologií primární volby pro sestavení genomu. Nicméně vzhledem k celkové nižší kvalitě dat u technologií s dlouhým čtením je výhodné uvažovat o jejich kombinaci s krátkým čtením Illumina. Přečtěte si o sestavení genomu pomocí dat z technologií Oxford Nanopore a Illumina!

Sekvenování celých genů pro 16S rRNA

Při identifikaci některých druhů bakterií, např. v komplexních komunitách, je amplikonové sekvenování technologií Illumina nedostatečné a je potřeba sekvenovat celý 16S rRNA gen. Pro tento přístup je mimořádně vhodná např. technologie PacBio.

Technologicky se jedná o obdobu jakéhokoliv amplikonového sekvenování. Jsou použity speciální primery, kompatibilní s následnou sekvenací na přístroji Sequel a do jedné sekvenační knihovny lze multiplexovat až 190 vzorků. Celý proces pro vás zajistíme na klíč včetně long-range PCR na vámi dodané gDNA.


Knihovny

Pro sekvenování technologiemi PacBio/ONT neumožňujeme přípravu knihoven zákazníkem. Musíte dodat DNA/RNA.


Výsledky, záruka a analýza dat

Po skončení sekvenování dostanete výsledky ve standardním formátu. Jelikož každý sekvenační projekt má specifické požadavky stran analýzy dat, nabízíme analýzu dat dle vaší specifikace - Analýza dat Custom. Naši bioinformatici vám mohou pomoci s jakoukoliv analýzou dat. V případě, že máte o tuto službu zájem, je nutná individuální konzultace, ideálně již při přípravě projektu. 


Doba zpracování

Asi 6 týdnů (nezahrnuje analýzu dat)


Kurz nebo workshop

Pokud s NGS začínáte nebo si chcete prohloubit své znalosti, doporučujeme vám účast na našem dvoudenním úvodním kurzu NGS. Případně si vyberte nějaký jiný kurz z naší nabídky.


Požadavky na vzorky


Chcete-li službu objednat, kontaktujte nás pro cenovou kalkulaci.

 

© SEQme s.r.o., 2012 - 2022. Všechna práva vyhrazena. Právní upozornění.
webdesign Beneš & Michl