Sekvenátory v naší flotile

NovaSeq X Plus a NovaSeq 6000 (Illumina)

K dispozici máte čipy (flow celly) poskytující různý výstup sekvenačních dat jak do množství, tak do délky. Vhodným výběrem nastavení a datového objemu (ShareSeq) lze zajistit ekonomické využití přístroje. S jedním typem technologie lze tak realizovat experimenty s různými nároky na sekvenační kapacitu. Je možné provést pilotní experiment s nižší kapacitou a následně dle výsledků designovat experiment většího rozsahu apod.

PacBio Sequel IIe a Revio (Pacific Biosciences)

Pro některé aplikace (např. skládání genomů nebo čtení delších amplikonů a repetitivních sekvencí) je potřeba získat delší sekvence. Toto je schopna poskytnout technologie SMRT využívaná v přístrojích společnosti PacificBiosciences. Při přípravě vzorku pro sekvenaci nedochází oproti jiným technologií k amplifikaci templátu a je tedy možné zaznamenat přímo i některé epigenetické modifikace.

Templátem pro sekvenaci je cirkularizovaná molekula. Na tuto molekulu nasedá polymeráza a čte ji tak dlouho, dokud opět neodpadne či neskončí sekvenační běh. Fragmenty dlouhé řádově několik desítek kb  jsou takto opakovaně přečteny a porovnáním jednotlivých čtení, které provádí přístroj automaticky, je dosaženo zpřesnění správné identifikace báze. Tato strategie se nazývá „circular consensus sequencing“. Už při pročtení řádově 8-10x je přesnost čtení vylepšena na více než 99,99%, což je srovnatelné s přesností technologie Illumina. 

(obr. upraven podle dokumentace PacificBiosciences)

Pozn. Pro sekvenování pomocí této technologie si vždy vyžádejte individuální cenovou nabídku.

MinION / GridION (Oxford Nanopore)

Další technologií, která se zaměřuje na produkování dlouhých sekvencí, je technologie společnosti Oxford Nanopore. 

Technologie Oxford Nanopore se historicky potýkala s pověstí horší kvality sekvenování. K dnešnímu dni však lze říci, že tento problém je minulostí, neboť při použití optimálních algoritmů basecallingu jsou data perfektní kvality. Doporučujeme technologii Oxford Nanopore pro sekvenování metagenomu!