ShareSeq

ShareSeq - Protokol pro realizaci NGS projektů malého až středního rozsahu na sekvenátorech Illumina

Využijte jen takovou sekvenační kapacitu, jakou skutečně potřebujete

ShareSeq je protokol Next-Generation sekvenování, založený na principu kombinování vzorků (z různých zdrojů) v jediné sekvenační dráze (lane), což má za následek významné snížení nákladů na jednotlivé projekty. Přitom zůstávají zachovány všechny přednosti, které metoda Next-Generation sekvenování nabízí:

  • Standardní protokoly přípravy sekvenačních knihoven
  • Vysoká sekvenační kapacita, nicméně volitelná na základě individuálních požadavků
  • Běžně používané formáty dat

Hlavní rozdíl mezi protokolem ShareSeq a ostatními protokoly na sekvenátorech Illumina, které vám nabízíme, je v tom, že zatímco běžně objednáváte jako minimální jednotku jednu sekvenační dráhu, ShareSeq umožňuje objednat pouze přesně definovaný počet readů bez ohledu na velikost sekvenační dráhy!


Komu je ShareSeq určen

  • Způsob zpracování vzorků v rámci ShareSeq se nijak neliší od standardní metody přípravy vzorků pro sekvenátory Illumina. Je tedy určen komukoliv, kdo chce sekvenovat touto technologií.
  • Primárně je tento protokol vhodný pro projekty malého až středního rozsahu, kdy je vyžadována poměrně nízká sekvenační kapacita na vzorek a nevyplatí se hradit sekvenování na celé dráze.
  • Současně velmi doporučujeme ShareSeq i v případech, kdy provádíme velké a nákladné sekvenační projekty na NovaSeq (třeba několik drah najednou) a chceme předem otestovat, zda jsou knihovny optimálně poolovány.
  • ShareSeq můžete využít i pokud si chcete předem otestovat, zda sekvenační data v obecné rovině splňují vaše očekávání (úspěšnost ribo-deplece či jiného způsobu nabohacení specifické frakce genomu/transkriptomu, míra mapování na referenční sekvenci, výskyt očekávaných organismů atp.).

Laboratorní zpracování

ShareSeq provádíme na sekvenátorech Illumina v těchto nastaveních:

  • 100 b Single-end
  • 150 b Paired-end
  • 250 b Paired-end

Jako vzorky můžete dodat jakýkoliv templát (DNA/RNA), který lze zpracovat standardními postupy přípravy knihoven dle našeho ceníku. Knihovny budou připraveny našimi standardními protokoly a poolovány tak, abyste získali požadovaný výstup (počet readů).

 

 


Výsledky, záruka a analýza dat

Sekvenační kapacita je volena tak, abychom získali počet sekvencí alokovaný na zakázku i s určitou rezervou. Získané sekvence budou roztříděny dle kombinace indexů do souborů reprezentujících jednotlivé vzorky a bude provedena analýza ukazatelů kvality sekvenace, jako je počet a délka sekvencí, phred score, %GC, úroveň duplikace atp. Jako výstup obdržíte data ve formátu FASTQ rozdělená do souborů dle jednotlivých vzorků. Tyto základní úkony analýzy jsou zahrnuty do služby ShareSeq Basic, která je nedílnou součástí protokolu ShareSeq.

Jelikož každý sekvenační projekt má specifické požadavky stran analýzy dat, nabízíme analýzu dat na klíč pro potřeby právě vašeho projektu – ShareSeq Custom. Naši bioinformatici vám mohou pomoci s jakoukoliv analýzou dat. V případě, že máte o tuto službu zájem, je nutná individuální konzultace. Zadejte prosím vaše požadavky při objednání ShareSeq, budeme vás kontaktovat. Sekvenování vašich vzorků tím nebude zpožděno.


Doba zpracování

Asi 6 týdnů (nezahrnuje analýzu dat)


Kurz nebo workshop

ShareSeq je mimořádně vhodný mimo jiné i v případě, kdy si chcete Next-Generation sekvenování vyzkoušet. NGS je metodika poměrně drahá a ShareSeq právě tuto její nevýhodu eliminuje! Pokud s NGS začínáte, doporučujeme vám rovněž účast na našem dvoudenním úvodním kurzu NGS.


Požadavky na vzorky

© SEQme s.r.o., 2012 - 2020. Všechna práva vyhrazena. Právní upozornění.
webdesign Beneš & Michl