Sekvenování technologií Illumina

Sekvenování technologií Illumina

Objednejte si takovou sekvenační kapacitu, jakou skutečně potřebujete

Na sekvenátorech Illumina nabízíme pro zpracování vašich vzorků tyto možnosti:

  • Objednejte si celou sekvenační dráhu
  • Objednejte si ShareSeq - datový balíček

 

Objednáváte Sekvenační dráhu ShareSeq datový balíček
Na co je služba vhodná Spíše větší projekty s nižší cenou na datovou jednotku (např. na jeden milión readů) Spíše menší až střední projekty s nižší celkovou cenou
Dostupná sekvenační nastavení Single-end 50b
Paired-end 150b, 250b
Kapacita Od 300 miliónů readů výše Od 1 miliónu readů výše
Záruka Objem dat, která můžete očekávat, je určen přibližně. Většinou dodáváme větší objemy, než je uvedeno ve specifikacích. Pokud připravujeme knihovny, pak garantujeme objem dat uvedený ve specifikacích ShareSeq datových balíčků!
Příprava knihoven Náš tým nebo vy
Typ knihoven Bez omezení
Adaptery Kompatibilní se standardními sekvenačními primery Illumina.
Indexy Výhradně duální indexy. Pokud připravujete knihovny sami a nechcete/nemůžete použít duální indexy, vždy nás nejprve kontaktujte.
Výstupy Standardní (běžně používané formáty dat apod.)

 

Specifikace a ceny sekvenačních drah a datových balíčků zde.

 


Kdy využít celou dráhu a kdy využít ShareSeq datové balíčky?

Způsob zpracování vzorků je v obou případech totožný.

Primárně jsou ShareSeq datové balíčky vhodné pro projekty malého až středního rozsahu, kdy je vyžadována poměrně nízká sekvenační kapacita na vzorek a nevyplatí se hradit sekvenování na celé dráze. Současně velmi doporučujeme ShareSeq i v případech, kdy provádíte velké a nákladné sekvenační projekty a chcete si předem něco otestovat - např. úspěšnost ribo-deplece či jiného způsobu nabohacení specifické frakce genomu/transkriptomu, míru mapování na referenční sekvenci, výskyt očekávaných organismů atp.

V případě datových balíčků ShareSeq budou vaše vzorky analyzovány společně se vzorky jiných klientů. Pokud provádíte sami přípravu knihoven, je naprosto kritické, abyste nám poskytli přesné informace o postupu přípravy, použitých indexech apod. Tyto informace budou požadovány při zadávání objednávky do našeho systému.

Jako vzorky můžete v obou případech dodat jakýkoliv templát (DNA/RNA), který lze zpracovat standardními postupy přípravy knihoven dle našeho ceníku. Knihovny budou připraveny našimi standardními protokoly a poolovány tak, abyste získali požadovaný výstup (počet readů).

 


Příprava knihoven

V případě technologie Illumina nabízíme přípravu těchto typů knihoven:

  • DNA knihovna, v případě zájmu bez využití PCR
  • Knihovna celkové RNA nebo mRNA (polyA selekce)
  • Knihovna po rRNA depleci
  • miRNA knihovna
  • 3' mRNA knihovna (QuantSeq/UMI)

Pokud si chcete knihovny připravit sami, je nutné nám je zaslat jako jeden pool. Před vlastní sekvenací vždy provádíme kontrolu kvality vámi připravených knihoven.


Výsledky, záruka a analýza dat

Získané sekvence budou roztříděny dle kombinace indexů do souborů reprezentujících jednotlivé vzorky a bude provedena analýza ukazatelů kvality sekvenace, jako je počet a délka sekvencí, phred score, %GC, úroveň duplikace atp. Jako výstup obdržíte data ve formátu FASTQ rozdělená do souborů dle jednotlivých vzorků. Tyto základní úkony analýzy jsou zahrnuty do služby Analýza dat Basic, která je nedílnou součástí každé sekvenace a je zdarma.

U některých typů analýz, např. při sekvenování exomů, nabízíme standardní zpracování výsledků. Tato Analýza dat Advanced je zpoplatněna podle počtu vzorků a její objednání je volitelné. Pokud o ni nemáte zájem, obdržíte pouze FASTQ soubory (výše).

Jelikož každý sekvenační projekt má specifické požadavky stran analýzy dat, nabízíme analýzu dat dle vaší specifikace - Analýza dat Custom. Naši bioinformatici vám mohou pomoci s jakoukoliv analýzou dat. V případě, že máte o tuto službu zájem, je nutná individuální konzultace, ideálně již při přípravě projektu. 


Doba zpracování

Asi 6 týdnů (nezahrnuje analýzu dat)


Kurz nebo workshop

Pokud s NGS začínáte nebo si chcete prohloubit své znalosti, doporučujeme vám účast na našem dvoudenním úvodním kurzu NGS. Případně si vyberte nějaký jiný kurz z naší nabídky.


Požadavky na vzorky

© SEQme s.r.o., 2012 - 2021. Všechna práva vyhrazena. Právní upozornění.
webdesign Beneš & Michl