Na kvalitu výstupu sekvenátorů Oxford nanopore nemá vliv velikost fragmentů ani nedochází například k preferenčnímu loadingu krátkých fragmentů apod. Na druhou stranu je tato technologie velmi citlivá na přítomnost jakýchkoliv inhibitorů, jejichž vliv na aktivitu nanoporů může významně snížit množství dat. Doporučujeme pečlivě kontrolovat přítomnost jakýchkoliv inhibitorů.

Pokud se vám nedaří některých inhibitorů zbavit, můžeme připravit knihovnu z malého množství templátu pomocí několika PCR cyklů, inhibitory se naředí a následuje dodatečná purifikace. Doporučujeme rovněž vzorky ihned po izolaci zamrazit a cykly rozmražování / zamražování neopakovat.

Další pokyny pro přípravu vysokomolekulární DNA jsou stejné jako pro sekvenování na platformě PacBio.

Pozn. Pro metagenomické analýzy založené na sekvenování dlouhých amplikonů (např. 16S) lze gDNA připravit běžným způsobem jako v případě technologie Illumina. Důležité je, aby DNA byla prostá inhibitorů PCR reakce.