RapidSeq

Nejrychlejší protokol v naší nabídce Sangerova sekvenování. Všechny vzorky došlé do naší laboratoře (pro všechny protokoly) jsou zpracovávány současně, ale vzorky pro protokol RapidSeq jsou v sekvenátorech analyzovány přednostně a jejich výsledky vyhodnocovány automaticky. První výsledky tedy můžete čekat asi po 10 hodinách od doručení vzorků.

Zasíláte nám templát, který je připraven na vlastní sekvenaci (přečištěn).

Vy dodáváte: Templátem je PCR produkt nebo plazmid. Templát musí být smíchaný se sekvenačním primerem. Pouze v případě, že chcete použít naše univerzální primery, dodáváte templát bez primeru.  My provádíme: Sekvenační reakci Kapilární elektroforézu produktů sekvenační reakce Automatické vyhodnocení výsledků bez zásahu člověka

Požadavky na vzorky - RapidSeq (shodné s protokolem StandardSeq)

Doba dodání výsledků: Nejdříve do 10 hodin od doručení vzorků do naší laboratoře. Co můžete očekávat: Délku čtení až 1100 bp, přesnost čtení typicky > 99% Zdarma poskytnuté univerzální primery Výsledky on-line ve formátu .ab1, fasta a .phd.1 Automatické zaslání emailu jakmile jsou výsledky k dispozici Neustálou interní kontrolu kvality Uchování vašich vzorků jeden týden, vašich výsledků dva roky Kvalifikovanou technickou podporu

Vyhodnocení výsledků:

Vyhodnocení výsledků získaných protokolem RapidSeq probíhá bez zásahu lidské ruky. Každý výsledek je ihned po dokončení elektroforézy v sekvenátoru algoritmicky zpracován a automaticky odesílán klientům.

Dovolujeme si upozornit, že vlastní elektroforetická separace v sekvenátorech může generovat určité chyby, kterým nelze předejít, a které typicky mohou vyžadovat opakování elektroforézy. Současně se může stát, že automatický algoritmus vyhodnotí výsledky neoptimálně, i když elektroforéza proběhne v pořádku. Oba případy mohou vyžadovat zásah našeho operátora, jenž takový vzorek buď podrobí opakované elektroforéze nebo upraví parametry analýzy. K tomuto zásahu operátora ovšem při sekvenaci protokolem RapidSeq nedochází.

Příklady těchto chyb (a neoptimálních výsledků) jsou uvedeny zde.

Četnost výskytu elektroforetických separačních chyb je přibližně asi 1-2% (jeden až dva vzorky ze sta mohou vyžadovat opakování elektroforézy). Četnost výskytu neoptimálního automatického vyhodnocení nelze uvést, protože významně závisí na způsobu přípravy vzorků a jejich charakteru (např. GC obsahu, přítomnosti primerových dimerů apod.).

Opakovanou elektroforézu vzorků analyzovaných protokolem RapidSeq neprovádíme.

Srovnání našich sekvenačních protokolů - ke stažení ZDE.

 OBJEDNAT