Pro návrh vlastních primerů je potřeba si uvědomit, že pro sekvenování je správně navržený primer naprosto zásadní předpoklad. Mějte na paměti tato pravidla:

• Primery by měly ideálně mít teplotu tání (Tm) 55 – 60 °C.
• Primery by neměly tvořit dimery ani vlásenky (>3 bp).
• Ověřte, že nehrozí nespecifická vazba primeru do jiného místa v templátu.
• Vyhněte se vysokému obsahu GC na 3' konci, aby nedocházelo k nespecifické amplifikaci (ne více než 3 G/C v posledních 5 bázích).

Primery navržené při dodržení těchto pravidel budou obecně mít délku 18 až 30 bází a GC obsah 40 – 60%. Vyhněte se primerům s Tm vyšší než 65 °C, neboť to může vést k nespecifické amplifikaci a vyššímu pozadí ve výsledných elektroferogramech. Rovněž dbejte na to, aby místo nasedání primeru bylo alespoň 30 nukleotidů od místa, kde má začít požadované čtení sekvence.

Doporučujeme použít pro návrh primerů speciální počítačové programy.

Pokud opakovaně používáte tytéž vlastní primery, můžete si jejich názvy a sekvence uložit v části Moje Primery ve vašem uživatelském profilu. Tyto primery potom budou dostupné v objednávkovém formuláři v rozbalovací nabídce Primer společně s univerzálními primery.