Úvod do Next-Generation sekvenování

 

Účastníci říkají:

"Toto byl snad první kurz, kde se člověk dozvěděl opravdu komplexní a kompletní informaci o NGS a to od A do Z, ze které si může utvořit nějaký celkový obraz. Opravdu povedená záležitost, kterou rádi doporučíme."

 

Úvod:

Zorientujte se v možnostech masivně paralelního sekvenování a naučte se efektivně plánovat a provádět vlastní experimenty!

Cílem kurzu je pomoci Vám získat základní orientaci v technologiích, principech, pojmech a možnostech využití Next-Generation sekvenování (NGS). Důraz je kladen na osvojení si schopnosti samostatného efektivního plánování NGS experimentů a základního zhodnocení výsledků. Probereme celou tematiku komplexně od A do Z v souvislostech – vývoj jednotlivých metod, jejich přednosti a nevýhody, možnosti použití, detaily laboratorního zpracování vzorků i analýzy dat. Seznámíme vás rovněž s aktuálními technologickými novinkami. Absolvováním kurzu získáte ucelený přehled o technologiích NGS.

 

Komu je akce určena?

  • Akce je vhodná pro každého, kdo teprve plánuje používání technologií masivně paralelního (tzv. next-generation) sekvenování, nebo pro ty z vás, kteří si chcete prohloubit své stávající znalosti principů těchto metod a jejich využití. Předchozí znalost sekvenačních technologií není nutná.
  • Nutným předpokladem je počítačová gramotnost a základní znalosti molekulární biologie (DNA, RNA, genová exprese, PCR).
  • Pokud se chcete naučit základy analýzy sekvenačních dat, doporučujeme vaší pozornosti rovněž bioinformatický workshop Úvod do analýzy výsledků Next-Generation sekvenování.

 

Co se naučíte?

  • Získáte podrobný přehled dostupných NGS technologií včetně jejich srovnání z hlediska výhod a nevýhod pro konkrétní aplikace
  • Naučíte se navrhnout experiment NGS včetně efektivního naplánování rozpočtu
  • Dozvíte se, na co pamatovat při provádění NGS experimentů
  • Ukážeme vám, jak provádět základní operace s daty a poskytneme potřebné informace o počítačové infrastruktuře
  • Probereme všechny možné aplikace
  • Budete mít možnost komunikovat se zkušenými přednášejícími a ostatními účastníky

 


 

Program:

  • Úvod do problematiky
    • Historické souvislosti a přehled současných technologií
    • Základní principy a pojmy
    • Typické aplikace a standardní workflow 
  • Sekvenační technologie
    • Princip sekvenace technologiemi NGS
    • Specifikace technologií a přístrojů Illumina, Pacific Biosciences a Oxford Nanopore
    • Technologické novinky 
  • Základní aplikace a metody
    • Přehled aplikací NGS
    • Příprava sekvenačních knihoven
    • Nabohacovací techniky (Target enrichment) 
    •  
  • Plánování sekvenace
    • Volba aplikace ve vztahu k cílům experimentu
    • Specifické požadavky ve vztahu k aplikaci
    • Design technického řešení 
  • Vyhodnocení výsledků, analýza dat
    • Obecný úvod do analýzy dat
    • Přehled běžných datových formátů
    • Kvalitativní zhodnocení výsledků
    • Zvýšení kvality datasetu
    • Přehled používaného software
    • Základní metody sekundární analýzy dat (de-novo assembly, mapování na referenci, identifikace variant, …)
    • Evaluace výsledků sekundární analýzy (statistika)
    • Zobrazení výsledků sekundární analýzy

 

 


 

Přednášející:

Tým přednášejících je složen z profesionálů, zaměstnanců firmy SEQme a případně pozvaných hostů – odborníků na dané téma, kteří se dlouhodobě věnují různým technologiím Next-Generation sekvenování. Zaměřují se nejen na analýzu dat, ale i na laboratorní zpracování vzorků v NGS laboratoři, návrh NGS projektů a další související úkony a jsou tudíž schopni poskytnout komplexní vhled do celé problematiky v souvislostech.

Jak akce probíhá?

Jedná se o teoretický kurz sestávající z prezentací a softwarových demonstrací. Účastníkům nejsou přiděleny počítače.

 

Organizační informace:

  • Jazyk: Angličtina
  • Registrační poplatek zahrnuje tištěné prezentace ke kurzu/workshopu (pro on-line akce jsou prezentace poskytovány výhradně v elektronické formě). V případě, že se akce koná fyzicky, zahrnuje cena i obědy a občerstvení.
  • Případné ubytování a cestovní výdaje si účastníci zajišťují a hradí sami.
  • Upozorňujeme, že během akce nejsou prováděny žádné laboratorní experimenty.

 

Speciální nabídka:

Všechny naše kurzy a workshopy lze uspořádat rovněž na vašem pracovišti, pro vaši pracovní skupinu. Tedy jako akci na míru. Některé z našich akcí dokonce takto – na požadavek klienta – vznikly. Výhodou tohoto formátu je samozřejmě možnost připravit akci na klíč pro váš tým, reflektovat vaše specifické požadavky a potřeby, včetně možnosti pracovat s vašimi daty. V případě zájmu nás neváhejte kontaktovat.



Fotografie z našich kurzů...


© SEQme s.r.o., 2012 - 2022. Všechna práva vyhrazena. Právní upozornění.
webdesign Beneš & Michl