StandardSeq je základní protokol, kdy váš vzorek prostě sekvenujeme. RapidSeq je rychlejší StandardSeq s výhradně automatickým hodnocením výsledků. CleanSeq je vlastně StandardSeq, jemuž předchází přečištění templátu. HairpinSeq je jakási obdoba protokolu StandardSeq, v zásadě speciální protokol pro komplikované templáty (GC bohaté apod.) a jako jediný má v ceně obousměrnou sekvenaci. ReadySeq je doplňková služba pro klienty, kteří nechtějí zasílat k analýze templáty, ale hotové sekvenační produkty.

V nabídce NGS protokolů máme ještě protokol PlasmidSeq, který, ačkoliv založen na jiné technologii, dává výsledky ve stejném formátu, jako Sangerovo sekvenování (soubory .ab1).

Srovnání protokolů viz zde.