Next-Gen sekvenování

Magazín


Množství a kvalita dat ze systému GridION

V minulém článku jsme popsali některé vlastnosti a z toho plynoucí limitace sekvenátoru Sequel (Pacific Biosciences). Pokud hledáte alternativu této technologii dlouhých readů, možná zvažujete technologii firmy Oxford Nanopore.



Množství a kvalita dat ze systému Sequel

Technologie SMRT sekvenování společnosti Pacific Biosciences umožňuje sekvenaci jak fragmentů s délkou v řádu desítek kilobází, tak fragmentů dlouhých pouze několik stovek bází.



Sekvenace knihoven s nízkou sekvenční diverzitou na platformě Illumina

Sekvenační technologie Illumina na trhu aktuálně dominuje. Poskytuje celou řadu výhod ve srovnání s ostatními technologiemi, ale to bohužel neznamená, že je zcela bez nedostatků.



Nové horizonty v Next-Generation sekvenování (NGS) s technologií GemCode (10x Genomics)

Náš neustálý zájem nalézt nejvhodnější technologická řešení pro Vaše experimenty nás dovedl k zavedení technologie GemCode do naší nabídky služeb v oblasti Next-Generation sekvenování. Tímto příspěvkem hrdě oznamujeme dostupnost této technologie v naší laboratoři a zároveň představujeme její základní vlastnosti.



Několik důvodů, proč je pro kvantifikaci vzorků na přípravu NGS knihoven lepší Qubit než Nanodrop

Kdybych dostal zaplaceno pokaždé, když odpovídáme na otázku “Jak mám měřit koncentraci DNA nebo RNA na přípravu NGS knihovny?”, tak bych nepsal tento příspěvek. Byl bych někde na jachtě okolo řeckých ostrovů. Ale jelikož na žádné jachtě nejsem, říkal jsem si, že bych mohl dát dohromady několik dobrých důvodů, proč není používání Nanodropu pro tyto účely zrovna ten nejlepší nápad.



Několik poznámek k analýze dat

Technologie next-generation sekvenování produkují v porovnání se Sangerovou technologií obrovská množství dat. Jejich objem pochopitelně závisí na designu experimentu, primárně však na výstupní kapacitě přístroje. V principu je však vždy potřeba vypořádat se s převedením velkého množství dat do takové podoby, kdy je možné s nimi smysluplně pracovat, aby byla možná hlubší analýza získaných sekvencí, která je cílem celého experimentu.



Stručný slovník NGS pojmů

Vysvětlení nejběžnějších pojmů Next-Generation sekvenování.


© SEQme s.r.o., 2012 - 2019. Všechna práva vyhrazena. Právní upozornění.
webdesign Beneš & Michl